Den viktigaste skillnaden mellan konsensus-PCR och pan-PCR är att konsensus-PCR alltid är inriktat på konserverade regioner medan Pan-PCR riktar sig mot variabla regioner för att identifiera olika stammar av en grupp
Polymeraskedjereaktion (PCR) är en genamplifieringsteknik som består av tre huvudsteg som denaturering, hybridisering och förlängning. Detta används i stor utsträckning inom diagnostik och molekylär identifiering. Consensus PCR- och Pan PCR-tekniker är baserade på de primermål som varje PCR-typ använder.
Vad är Consensus PCR?
Consensus PCR är en PCR-teknik som riktar sig mot en konserverad region för en viss art eller släkt. Därför väljs mycket konserverade regioner för amplifiering. Genom denna metod kan organismer identifieras och särskiljas utifrån deras konsensus. Denna metod identifierar en konserverad region för en viss art. Till exempel förblir 16s rRNA-regionen av bakterier en konserverad region bland bakterier. Därför krävs endast en primeruppsättning för amplifiering. I de flesta fall kan en universell primerspecifik användas för den konserverade regionen.
Figur 01: PCR-teknik
Genom att följa en konsensus-PCR-metod kan artkarakterisering och evolutionära samband härledas. Baserat på amplifieringseffektiviteten för den speciella provorganismen kan organismens konsensus gentemot gruppen också härledas. Vidare är det viktigt att genomföra en konsensus-PCR i fylogenetiska studier. Den tillåter identifiering av en art och tolkar avvikelsen som den speciella organismen visar i termer av den gemensamma förfadern.
Vad är Pan PCR?
A Pan PCR är ett multiplexeringsläge för PCR. I denna teknik amplifieras olika stammar med användning av olika primermål. Målen kan dock vara gemensamma mål för stamgrupperna. I Pan PCR kan således mer än två primeruppsättningar användas samtidigt. Det kan ske i en reaktionsmetod med ett rör eller som en reaktionsmetod med flera rör. Pan PCR är mer tidskrävande och mer komplex jämfört med en konsensus PCR. På grund av denna anledning kan tolkningen av PCR-resultaten också vara mer komplex i Pan PCR.
Den huvudsakliga tillämpningen av Pan PCR är inom molekylär diagnostik. Det gör det möjligt att skilja mellan olika stammar av en art genom målförstärkning. Pan PCR är en idealisk teknik för att identifiera olika stammar av en enda art som orsakar en sjukdom. I de flesta fall är automatiseringen av Pan PCR-tekniker för olika hälsotillstånd mycket viktig och är en pålitlig och mycket effektiv teknik.
Vilka är likheterna mellan Consensus PCR och Pan PCR?
- Consensus PCR och Pan PCR är två typer av PCR-tekniker.
- Båda procedurerna följer den allmänna trestegsproceduren – denaturering, hybridisering och förlängning.
- De använder primers som är målspecifika.
- Båda reaktionerna sker i en termisk cykler.
- Dessa reaktioner kan automatiseras.
- Båda kan användas i molekylär diagnostik och identifiering; exaktheten varierar dock.
- Dessa procedurer kräver validering.
Vad är skillnaden mellan Consensus PCR och Pan PCR?
Både Consensus och Pan PCR följer samma rutinprocedur. Men den viktigaste skillnaden mellan konsensus PCR och Pan PCR är baserad på primermålen som varje procedur använder. Medan konsensus-PCR alltid riktar sig mot konserverade regioner, riktar en Pan-PCR in variabla regioner för att identifiera olika stammar av en grupp. På grund av denna skillnad varierar primerdesignprotokollen, antalet använda primeruppsättningar och de specifika applikationerna.
Infografiken nedan sammanfattar skillnaden mellan Consensus PCR och Pan PCR.
Sammanfattning – Consensus PCR vs Pan PCR
PCR, introducerad av Mulli, spelar en viktig revolutionerande roll i molekylärbiologiska tillämpningar. Consensus och Pan PCR är två typer av PCR baserat på deras primermålregioner. Medan konsensus-PCR riktar sig mot konserverade regioner, riktar Pan PCR in sig på variabla regioner och spelar en viktig roll vid stamidentifiering. På grund av denna grundläggande skillnad mellan konsensus PCR och Pan PCR varierar de specifika funktionerna för varje typ av PCR också från fylogenetisk analys till molekylär karakterisering till molekylär diagnostik.
