Nyckelskillnaden mellan CGH och array CGH är att CGH är en traditionell molekylär cytogenetisk metod för att analysera kopietalsvariation i DNA från ett testprov som har en lägre upplösning, medan array CGH är en helautomatisk molekylär cytogenetisk metod för analyserar kopienummervariation i DNA från ett testprov som har en högre upplösning.
CGH och array CGH är två tekniker för att upptäcka kopienummervariationer hos individer. Variation av kopianummer hänvisar till de sektioner av genomet som upprepas. Antalet kopior varierar mellan individer. Variation av kopienummer delas i allmänhet in i två grupper: korta upprepningar och långa upprepningar. Ett av de mest välkända exemplen på en variation av kort kopietal är upprepningen av CAG-trinukleotiden i huntingtingenen. Detta orsakar en neurologisk störning som kallas huntingtin. Det bästa exemplet på variationer i antal kopior med långa upprepningar är alfaamylasgenen, som orsakar insulinresistens. Variation av kopienummer kan upptäckas med tekniker som FISH, CGH och array CGH.
Vad är CGH?
CGH är en traditionell molekylär cytogenetisk metod för att analysera kopietalsvariation i DNA från ett testprov jämfört med ett referensprov. Den har en lägre upplösning jämfört med automatiserade tekniker. Syftet med denna teknik är att snabbt och effektivt jämföra två genomiska DNA-prover som härrör från olika källor.
Figur 01: CGH
Proceduren innebär isolering av DNA från två källor: test och referens. Sedan är nästa steg oberoende märkning av test- och referens-DNA-prover med fluoroforer i olika färger. Senare denaturerades de två DNA-proverna för att få de enkelsträngade DNA-proverna. Slutligen utfördes hybridiseringen av de två resulterande DNA-proverna i ett 1:1-förhållande till en normal metafasspridning av kromosomer. De kromosomala skillnaderna kan identifieras mellan de två källorna med hjälp av ett fluorescensmikroskop och datorprogramvara. Dessutom kan CGH-tekniken endast upptäcka obalanserade kromosomavvikelser.
Vad är Array CGH?
Array CGH är en helt automatiserad molekylär cytogenetisk metod för att analysera kopietalsvariation i DNA från ett testprov jämfört med ett referensprov. Den har en högre upplösning, och den utvecklades för att minimera begränsningarna för traditionell CGH. Array CGH kombinerar principerna för CGH med användningen av mikroarrayer. Istället för att använda spridning av metafaskromosomer använder den här metoden objektglas med små DNA-segment som mål. Dessa mikromatriser gjordes genom att deponera och immobilisera en liten mängd DNA (sonder) på en solid glasbärare. Storleken på sonderna kan variera från oligonukleotid till en bakteriell artificiell kromosom.
Figur 02: Array CGH
Oavsett sönder, liknar den grundläggande metoden för array CGH CGH. När prober som innehåller mikroarray har förberetts blandas de två DNA-proverna (test och referens) märkta med fluoroforer av olika färger och läggs till mikroarrayen. Eftersom DNA:t i proverna är enkelsträngat på grund av denaturering, hybridiserar detta DNA med arrayade enkelsträngade prober. Med hjälp av ett digit alt bildsystem är det möjligt att identifiera de kromosomala skillnaderna mellan de två källorna.
Vilka är likheterna mellan CGH och Array CGH?
- CGH och array-CGH är två tekniker för att upptäcka kopienummervariationer.
- De är molekylära cytogenetiska metoder.
- Båda metoderna diagnostiserar obalanserade kromosomavvikelser.
- Fluoroforer är inblandade i båda metoderna.
- Båda metoderna kan användas för att upptäcka genetiska störningar på grund av variationer i antal kopior.
- De används ofta i jämförande genomisk analys.
Vad är skillnaden mellan CGH och Array CGH?
CGH är en traditionell molekylär cytogenetisk metod för att analysera kopietalsvariation i DNA från ett testprov som har en lägre upplösning, medan array CGH är en helautomatiserad molekylär cytogenetisk metod för att analysera kopietalsvariation i DNA från ett testprov som har högre upplösning. Så detta är nyckelskillnaden mellan CGH och array CGH. Vidare, i CGH hybridiserar test- och referens-DNA-prover med en normal metafasspridning av kromosomer, men i array-CGH hybridiserar test- och referens-DNA-prover med de immobiliserade DNA-sonderna som innehåller mikroarray.
Infografiken nedan listar skillnaderna mellan CGH och array-CGH i tabellform för jämförelse sida vid sida.
Sammanfattning – CGH vs Array CGH
CGH och array CGH är två molekylära cytogenetiska tekniker för att upptäcka obalanserade kromosomavvikelser. De används ofta i jämförande genomisk analys. CGH är en traditionell molekylär cytogenetisk metod för att analysera kopietalsvariation i DNA från ett testprov som har en lägre upplösning. Däremot är array CGH en helt automatiserad molekylär cytogenetisk metod för att analysera kopienummervariation i DNA från ett testprov som har en högre upplösning. Detta sammanfattar alltså skillnaden mellan CGH och array CGH.
