Den viktigaste skillnaden mellan FISH och CGH är att FISH är en molekylär teknik som detekterar specifik DNA-sekvens på en kromosom med hjälp av fluorescensmärkta prober, medan CGH är en annan molekylär cytogenetisk teknik som detekterar förändringar i det genomiska DNA:t.
Cytogenetisk analys spelar en viktig roll inom medicinen när man upptäcker kromosomavvikelser såsom aneuploidier, deletioner, duplikationer och omarrangemang, etc. Kromosomavvikelser leder så småningom till genetiska sjukdomar som cancer, infertilitet, Downs syndrom, Klinefelters syndrom, Turner syndrom, leukemi etc. Det finns olika molekylära cytogenetiska metoder för att upptäcka ovan nämnda defekter och sjukdomar. Bland dem är FISH (fluorescerande in situ hybridisering) och CGH (jämförande genomisk hybridisering) två kraftfulla hybridiseringstekniker. Båda metoderna har dock för- och nackdelar.
Vad är FISH?
FISH är en nukleinsyrahybridiseringsteknik som utförs på en del eller sektion av vävnaden, i hela vävnaden eller cellerna. Det är en sondbaserad metod. Tekniken beror på teorin om Watson Cricks komplementära basparning, vilket resulterar i antingen DNA – DNA-hybrider eller DNA – RNA-hybrider, som därmed kan detektera muterade gener eller kan identifiera genen av intresse. Vidare använder denna teknik enkelsträngade DNA-sekvenser, dubbelsträngade DNA-sekvenser, enkelsträngade RNA-sekvenser eller syntetisk oligonukleotid framställd med användning av nick-translation som prober som är komplementära till gensekvenser av intresse. Dessutom är den viktigaste egenskapen hos denna teknik märkningen av sonder med fluorescensfärgämnen. Således binder proberna med de komplementära delarna av kromosomen och gör det enkelt att upptäcka.
FISK är dessutom en mycket känslig och specifik metod. Därför är det en vanlig teknik i både forskning och diagnos av hematologiska maligniteter och solida tumörer. Men FISH visar låg upplösning. Det kräver också förkunskaper om målavvikelsen för att utforma sondsekvenser.
Figur 01: FISK
Det finns många tillämpningar av FISH, främst inom molekylär diagnostik av infektionssjukdomar för att identifiera förekomsten av patogener och för att bekräfta patogenen via molekylär diagnostik. Dessutom är FISH en vanlig teknik inom utvecklingsbiologi, karyotypning och fylogenetisk analys och fysisk kartläggning av kromosomer.
Vad är CGH?
Komparativ genomisk hybridisering (CGH) är en annan DNA-baserad molekylär cytogenetisk teknik som kan detektera förändringar av genomiska DNA-sekvenser. Metoden är en avancerad metod som kan analysera kromosom- och genmodifieringar för att upptäcka förändringar eller förändringar i de genomiska DNA-sekvenserna. Vidare kräver CGH isolering och fragmentering av DNA från experimentprovet och referensprovet. Sedan bör proverna märkas med två olika fluorescerande färgämnen (vanligtvis röda och gröna). Senare blandas båda proverna och tillåts för kompetitiv hybridisering. Det sista steget är analysen av proverna med avseende på förändringar i DNA såsom genduplicering, genförlust, etc. Speciellt mäter det skillnaderna i DNA-kopiatal mellan testprovet och kontrollprovet.
Figur 02: CGH
En annan version av CGH är tillgänglig nu; det är en mer avancerad metod än den vanliga CGH. Det är en teknik som kallas array-baserad CGH eller aCGH. aCGH möjliggör exakt identifiering av gen- eller sekvensdeletioner i många tusen sekvenser i ett enda experiment.
Vilka är likheterna mellan FISH och CGH?
- FISH och CGH är två molekylära tekniker.
- Både FISH och CGH är beroende av nukleinsyrahybridisering.
- Dessutom behöver båda teknikerna designade sonder för att detektera specifika DNA-mål.
- Vi använder dem för pre-natal och postnatal diagnos av genetiska sjukdomar.
- Dessutom är både FISH och CGH mycket kraftfulla verktyg för att studera genomiska förändringar.
- De använder fluorescerande färgämnen för att märka sonder.
Vad är skillnaden mellan FISH och CGH?
FISH är en in situ hybridiseringsprocedur som använder fluorescerande prober för att detektera specifika DNA-sekvenser, medan CGH är en molekylär hybridiseringsteknik som detekterar förändringar av genomiska DNA-sekvenser. Så detta är den viktigaste skillnaden mellan FISH och CGH.
Dessutom kräver FISH förkunskaper om målavvikelsen för att utforma sondsekvenser, medan CGH inte kräver förkunskaper. En ytterligare skillnad mellan FISH och CGH är också att FISH visar begränsad upplösning medan aCGH visar hög upplösning.
Infografiken nedan sammanfattar skillnaden mellan FISH och CGH.
Sammanfattning – FISH vs CGH
FISH och CGH är två molekylära cytogenetiska tekniker som underlättar upptäckten av intressanta gensekvenser. FISH underlättar detektionen av specifik DNA-sekvens på en kromosom med hjälp av fluorescensmärkta prober medan CGH underlättar detektionen av förändringar i det genomiska DNA:t. Så detta är den viktigaste skillnaden mellan FISH och CGH.
