nyckelskillnad – genotypning vs sekvensering
Genotypning och sekvensering är två tekniker som utförs för att få information om nukleinsyrorna, främst DNA från en organism. Den viktigaste skillnaden mellan genotypning och sekvensering är att genotypning är processen för att bestämma vilken genetisk variant individen besitter med hjälp av markörer medan sekvensering är bestämning av den korrekta ordningen för nukleotidsekvensen inom det givna fragmentet av DNA.
Vad är genotypning?
Genotypning är bestämning av den genetiska sammansättningen av en individ med hjälp av en sekvens av DNA och markörer och jämförelse och identifiering av dess arv. Genotypning är viktigt inom evolutionär biologi, populationsbiologi, taxonomi, ekologi och genetik hos organismerna. Det kan utföras med olika tekniker inklusive DNA-sekvensering, polymeraskedjereaktion, restriktionsfragmentlängdpolymorfism (RFLP), slumpmässig amplifierad polymorf detektion, amplifierad fragmentlängdspolymorfism (AFLP), DNA-mikroarrayer, etc.
Genotypning involverar sekvensering av särskilda små fragment av DNA-sekvenser och upptäckt av släktskap mellan den genetiska sammansättningen med andra individer med hjälp av genetiska markörer. Den bestämmer enkelnukleotidpolymorfismerna (SNP) bland individerna eller de specifika allelerna. Genotypning är tillämplig på ett brett spektrum av organismer inklusive människor. Den är även tillämpbar på mikroorganismer som virus, svampar etc. och kan användas för att bestämma deras genetiska varianter med referensprofilerna. Inom molekylär epidemiologi och rättsmedicinsk mikrobiologi sker kontroll av patogener, särskilt mikroorganismer, genom informationen som erhålls från genotypning. Genotypning är mycket viktigt vid stamtavlaanalys. Människor genotypas för att bekräfta moderskap och faderskap. Genotyp kommer att avslöja de dominanta och recessiva alleler av gener som bestämmer specifika egenskaper.
Figure_1: RFLP-genotypning
Vad är sekvensering?
Sekvensering är processen att bestämma den korrekta ordningen för nukleotiden i ett givet fragment av DNA eller RNA. Praktiskt taget all information som krävs för tillväxt och utveckling av en organism är kodad i dess genom. Tillgängligheten av tekniker för att producera och separera några hundra nukleotider långa nukleinsyrafragment ledde till utvecklingen av procedurer för att bestämma den exakta nukleotidsekvensen för ett givet fragment av DNA eller RNA. Olika typer av sekvenseringsmetoder finns tillgängliga idag. Dessa sekvenseringsmetoder, tillsammans med teknologierna för konstruktion av genombibliotek som representerar hela genomet av en organism, underlättar sekvenseringen av hela genomet av den organismen, gör en djupgående analys av genstrukturer, genfunktioner, genplaceringar, genuttryck, genkartläggning, genreglerande regioner etc.
Det totala genomet av många virus, flera bakterier, arkebakterier, jäst och flera andra organismer har sekvenserats och kartlagts. Humant genom-projektet har gjort det möjligt att sekvensera och kartlägga hela det mänskliga genomet och publicera sitt första utkast 2003. Det är en viktig milstolpe i biologins framsteg. Mänskliga genomsekvenser används nu inom den medicinska sektorn för att identifiera genetiska orsaker till sällsynta sjukdomar, screena sjukdomsrisker hos nyfödda, identifiera genetiska detaljer om olika cancerformer, utveckla nya terapier och utveckla nya diagnostiska verktyg, etc.
I växtvärlden har risgenom och Arabidopsis-genom sekvenserats. Kunskap om dessa sekvenser kommer utan tvekan att revolutionera vår förståelse av hur celler och organismer fungerar.
Figure_2: En autoradiograf av sanger-sekvensering
Vad är skillnaden mellan genotypning och sekvensering?
Genotyping vs Sequencing |
|
| Genotypning är processen att bestämma den genetiska sammansättningen av en individ och kontrollera gruppen eller taxonomi för den organismen. | Sekvensering är processen för att bestämma den exakta ordningen av nukleotider för ett givet DNA- eller RNA-fragment. |
| Tekniker | |
| RFLP, gensekvensering, PCR, DNA-mikroarrayer, AFLP etc. | Sanger-sekvensering, Gilbert-sekvensering, Pyrosequencing, Next Generation Sequencing, Shotgun-sekvensering etc. |
| Major Concerns | |
| Detta är mer bekymrat över huruvida genotypskillnaderna ger de faktiska fenotypskillnaderna. | Detta är mer bekymrat över nukleotidernas ordning och dess skillnader och förändringar med andra organismer. |
Sammanfattning – genotypning vs sekvensering
Genotypning och sekvensering är användbara för att studera den genetiska informationen hos organismer. Genotypning är processen att bestämma genotypvariationer mellan individer och hitta deras kategorier. Sekvensering är processen för att bestämma den korrekta ordningen av nukleotiderna i det intresserade fragmentet eller regionen av DNA. Båda teknikerna ger viktig information om generna och genomen.
