Key Difference – Exome vs RNA Sequencing
Nukleinsyrasekvensering är tekniken som bestämmer ordningen på nukleotiderna i ett visst fragment av DNA eller RNA från en organism. Sekvensering är viktig för att identifiera DNA- och RNA-sammansättningen av cellen och särskilja vissa gener som kodar för funktionella proteiner; sålunda kan sekvensering användas för att förstå mutationerna av dessa gener och genuttryck. Sanger Sequencing-metoden eller den mer avancerade nästa generations sekvenseringsmetoder är de sekvenseringsmetoder som ofta används. Exomsekvensering är sekvenseringen av den kompletta uppsättningen av exoner eller kodande DNA-regioner som finns i en organism medan RNA-sekvensering är sekvenseringsproceduren för ribonukleinsyror (RNA). Detta är den viktigaste skillnaden mellan exom- och RNA-sekvensering.
Vad är Exome Sequencing?
Exome är en delmängd av genomet som består av de kodande generna för en viss organism. Kodande gener benämns exoner och transkriberas till mRNA och översätts sedan till aminosyrasekvenser. Under posttranskriptionella modifieringar tar RNA-splitsningsmekanismen i eukaryoter bort intronerna (icke-kodande regioner) och exonerna finns kvar. Det finns två huvudtekniker där exomsekvensering görs: lösningsbaserad och arraybaserad.
I lösningsbaserad exomsekvensering fragmenteras DNA-prover med antingen restriktionsenzymer eller mekanisk metod och denatureras av värme. I denna teknik används biotinylerade oligonukleotidsonder (beten) för att selektivt hybridisera med målregioner i genomet. Magnetiska streptavidinpärlor används för bindningssteget. Bindning följs av ett tvättsteg där de obundna och icke-riktade sekvenserna tvättas bort. De bundna målen amplifieras sedan med användning av polymeraskedjereaktion (PCR) och sekvenseras sedan med Sanger-sekvensering eller nästa generations sekvenseringstekniker.
Figur 01: Exome Sequencing
Arraybaserad metod liknar också den lösningsbaserade metoden, förutom att DNA-fragment fångas in i en mikroarray, och sedan följer bindnings- och tvättstegen innan de sekvenseras.
Exome-sekvensering används i många tillämpningar såsom genetisk diagnostik av sjukdomar, i genterapi, för att identifiera nya genetiska markörer, inom jordbruket för att identifiera olika fördelaktiga agronomiska egenskaper och i växtförädlingsprocedurer.
Vad är RNA-sekvensering?
RNA-sekvensering baseras på transkriptomet, som är cellens fullständiga transkript. Huvudmålen med RNA-sekvensering är att katalogisera alla arter av transkriptet, inklusive mRNA, icke-kodande RNA och litet RNA, för att bestämma den transkriptionella strukturen av gener och för att kvantifiera uttrycksnivåerna för varje transkript under utveckling. Under RNA-sekvensering användes initi alt hybridiseringsteknologier (som var komplementärt DNA härlett från mogna mRNA-sekvenser) för sekvensering. För närvarande används en mer exakt och avancerad genomströmningsteknik för RNA-sekvensering.
Figur 02: RNA-sekvensering
I RNA-sekvensering omvandlas ett prov av RNA som kan vara tot alt RNA eller fraktionerat RNA till dess komplementära DNA (cDNA) med användning av omvänd transkription, och ett cDNA-bibliotek prepareras. Varje cDNA-fragment är fäst till adaptrar på båda sidor (parändsekvensering) eller på ena sidan (enkeländssekvensering). Dessa taggade sekvenser sekvenseras med Sanger-sekvensering eller nästa generation, som exome-sekvensering.
Vilka är likheterna mellan Exome- och RNA-sekvensering?
- Korta utvalda fragment eller hela uppsättningen av DNA/RNA kan användas för Exome- eller RNA-sekvensering.
- Sekvenserade fragment bevaras i bibliotek.
- Sanger-sekvensering eller nästa generations sekvensering kan användas.
- Båda är in vitro-sekvenseringsmetoder.
- Sekvenserade fragment kan bestämmas med fluorescerande taggar.
Vad är skillnaden mellan exom- och RNA-sekvensering?
Exome vs RNA-sekvensering |
|
| Exome-sekvensering är sekvensering av hela uppsättningen exoner eller kodande DNA-regioner som finns i en organism. | RNA-sekvensering avser sekvenseringsproceduren för ribonukleinsyror (RNA); transkriptomet. |
| Startexempel | |
| Genomiskt DNA är startprovet för exomsekvensering. | RNA är startprovet för RNA-sekvensering. |
| Composition | |
| Detta innehåller endast kodande regioner av det totala DNA som kallas exoner | Detta innehåller RNA-mRNA/transkriptom. |
| Sequencing | |
| Det finns två huvudsakliga metoder för exomsekvensering; lösningsbaserad och arraybaserad teknologi. | RNA-sekvensering görs via framställning av ett cDNA-bibliotek genom att extrahera det totala RNA:t eller fragmenterat RNA. |
Sammanfattning – Exome vs RNA-sekvensering
Exome är den kompletta uppsättningen av kodande regioner av en organism och teknikerna som är involverade i bestämning av den exakta nukleotidordningen för Exome är känd som exomsekvensering. RNA-sekvensering är den teknik som är involverad i bestämningen av nukleotidordningen för RNA:t hos en organism. Detta är skillnaden mellan exom- och RNA-sekvensering.
Ladda ner PDF-version av Exome vs RNA Sequencing
Du kan ladda ner PDF-versionen av den här artikeln och använda den för offlineändamål enligt citat. Ladda ner PDF-versionen här Skillnaden mellan Exome- och RNA-sekvensering
