Nyckelskillnad – Framåt vs Reverse Primer
Polymeraskedjereaktion (PCR) är en DNA-amplifieringsmetod som används i molekylärbiologiska tillämpningar. Det är en vanlig teknik som gör miljoner till miljarder kopior av en särskilt intresserad DNA-sekvens. Det är en in vitro-metod som utförs i laboratorier. PCR-tekniken är helt beroende av det kommersiellt producerade DNA-polymeraset som kallas Taq-polymeras. Och det kräver också flera andra komponenter och korrekt temperaturunderhåll. En viktig komponent är primers. Primers är de korta DNA-sekvenser som är specifikt utformade för mål-DNA-sekvensen. De är vanligtvis runt 20 nukleotider långa. Taq-polymeras katalyserar tillsatsen av nukleotider till redan existerande nukleotidsekvenser. Därför tjänar primrar som utgångspunkter för syntesen av nya strängar. Taq-polymeras fungerar endast i 5' till 3' riktning, därför sker DNA-syntesen i samma 5' till 3' riktning. Eftersom DNA är dubbelsträngat behövs två typer av primrar i PCR. De är kända som forward primer och reverse primer. Framåt- och bakåtprimrar benämns baserat på riktningen för förlängningen av primern i DNA när DNA-syntes sker. Forward primer hybridiserar med antisens-DNA-strängen och initierar syntesen av +ve-strängen av genen i 5' till 3'-riktning. Omvänd primer hybridiserar med sense-strängen och initierar syntesen av den komplementära strängen av den kodande strängen; som är -ve genens sträng i 5' till 3' riktning. Detta är den viktigaste skillnaden mellan framåtriktade och bakåtriktade primers.
Vad är en Forward Primer?
Framåtriktad orientering är syntesen av den kodande strängen eller senssträngen av en gen. Taq polymeras katalyserar syntesen av en ny sträng i 5' till 3' riktning. Syntesen av kodande sträng sker när primern smälter med den icke-kodande eller antisenssträngen och förlängs i 5' till 3' riktning.
Figur 01: Framåt- och bakåtprimrar
Primern som hybridiserar med antisenssträngen eller den icke-kodande strängen eller mallsträngen är känd som framåtriktad primer eftersom framåtriktad primer fungerar som en startpunkt för syntesen av kodning eller genens positiva sträng. Forward primer har en kort nukleotidsekvens som är komplementär till den 3' flankerande änden av antisenssträngen. Det hybridiserar med antisenssträngen och underlättar för Taq-polymeraset att lägga till nukleotider som är komplementära till mallsträngen.
Vad är en omvänd primer?
Omvänd primer är den korta DNA-sekvensen som hybridiserar med 3'-änden av sense-strängen eller den kodande strängen. Omvänd primer tjänar som startpunkten för att syntetisera en komplementär sträng av den kodande sekvensen eller den icke-kodande sekvensen. Omvänd primer är utformad som komplement till 3'-änden av den kodande strängen. Därför härdar den med den flankerande 3'-änden av den kodande strängen och tillåter Taq-polymeras att syntetisera antisenssträngen eller mallsträngen. Eftersom dess orientering är omvänt, är denna primer märkt som omvänd primer.
Både bakåtriktade och framåtriktade primrar är viktiga för produktion av miljoner till miljarder kopior av särskilda DNA-regioner som är riktade eller intresserade.
Vilka är likheterna mellan Forward och Reverse Primer?
- Både Forward och Reverse primers är gjorda av oligonukleotider.
- Både framåtriktade och omvända primrar har kort nukleotidsekvens som är komplementär till de flankerande ändarna av DNA-dubbelsträngarna.
- Både framåt- och bakåtprimrar består vanligtvis av 20 nukleotider.
- Både Forward och Reverse Primers används i polymeraskedjereaktioner.
- Både Forward och Reverse Primers syntetiseras kommersiellt.
- Både Forward och Reverse primers är temperaturstabila och de har norm alt liknande Tm.
- Både framåtriktade och bakåtriktade primrar hybridiseras med mål-DNA-sekvenserna.
- Både Forward och Reverse Primers är designade enligt PCR-reaktionerna.
- Både framåtriktade och omvända primrar tjänar som startpunkter för DNA-amplifieringen.
- Både omvända och framåtriktade primrar är viktiga för produktionen av miljoner kopior av särskilda regioner av riktade eller intresserade DNA-sekvenser.
Vad är skillnaden mellan Forward och Reverse Primer?
Forward Primer vs Reverse Primer |
|
| Forward primer är den korta DNA-sekvensen som hybridiserar med 3'-änden av den icke-kodande eller mallsträngen av genen och fungerar som startpunkten för att syntetisera den kodande sekvensen. | Omvänd primer är den korta DNA-sekvensen som hybridiserar med 3'-änden av den kodande eller icke-mallsträngen och fungerar som startpunkten för att syntetisera den icke-kodande sekvensen. |
| Annealing Strand | |
| Framåtriktad primerglödgning med mallsträng. | Omvänd primerhärdning med icke-mallsträngen. |
| Resulterande ny sekvens | |
| Forward primer underlättar syntesen av den kodande sekvensen. | Omvänd primer underlättar syntesen av den icke-kodande sekvensen. |
Sammanfattning – Forward vs Reverse Primer
Det finns två typer av primers involverade i PCR-teknik. De är framåt och bakåt primers. Baserat på förlängningen av primern i ny DNA-strängsyntes, är dessa primers märkta eller namngivna. Taq-polymeras syntetiserar det nya DNA:t i 5' till 3'-orientering. Därför är primers utformade som komplementära till 3'-ändarna av dubbelsträngarna. Forward primer som förlängs i 5' till 3' riktning hybridiserar med 3'-änden av antisensen eller mallen eller den icke-kodande sekvensen. Det tjänar som utgångspunkt för att syntetisera kodande sekvens. Omvänd primer som förlängs i 5' till 3' riktning hybridiserar med 3'-änden av kodningen eller icke-templaten eller sense-strängen. Det fungerar som utgångspunkt för att syntetisera den icke-kodande sekvensen. Det här är skillnaden mellan primer framåt och bakåt.
