Den viktigaste skillnaden mellan molekylär dockning och poängsättning är att dockning är en teknik som används för att bestämma bindningsaffiniteten mellan två molekyler medan poängsättning är en process för att utvärdera en viss ställning genom att räkna antalet gynnsamma intermolekylära interaktioner.
Termen molekylär dockning och poängsättning används inom området molekylär modellering. Molekylär modellering är en teknik som används för att bestämma möjliga arrangemang av olika molekyler i en given substans. Denna teknik är viktig för att skapa nya stabila föreningar.
Vad är Molecular Docking?
Molekylär dockning är en beräkningssimulering av en kandidatligand som binder till en receptor. Denna metod förutsäger den föredragna orienteringen av en molekyl till en annan molekyl när de är bundna till varandra för att bilda ett stabilt komplex. Resultaten som erhålls från denna teknik kan användas för att förutsäga styrkan av association eller bindningsaffinitet mellan två molekyler. Här är den molekylära poängfunktionen också viktig.
Figur 01: Ett enkelt diagram som visar processen för molekylära interaktioner i biologiska system
Allmänt sett tar denna teknik hänsyn till biologiskt relevanta molekyler som proteiner, peptider, nukleinsyror, kolhydrater och lipider. Dessa molekyler är mycket viktiga, och de spelar en viktig roll i sign altransduktionsmekanismer i vår kropp. Därför påverkar orienteringen av de två molekylerna som kommer att binda för denna sign altransduktionsprocess typen av signal som produceras här. Det betyder; molekylär dockning är viktig för att bestämma både styrkan och typen av signal som produceras under sign altransduktion i biologiska system.
Dessutom är molekylära dockningstekniker viktiga för att utforma strukturbaserade läkemedel. Det beror på dess förutsägbarhet av bindningskonformation av små molekyler såsom ligander till ett lämpligt bindningsställe.
Vad är molekylär poäng?
Molekylär poängsättning är en typ av matematisk funktion som är användbar för att utvärdera framstegen med molekylär dockning. Inom området för beräkningskemi används poängfunktioner för att förutsäga bindningsaffiniteten mellan två molekyler efter dockningsprocessen. Till exempel, om vi har en liten molekyl av ett partikelläkemedel och det finns ett biologiskt mål som ett protein, kan vi utvärdera läkemedlets affinitet mot bindningsstället. Dessutom kan den molekylära poängsättningen användas för att förutsäga de intermolekylära interaktionerna mellan två proteiner eller mellan ett protein och DNA-molekyler.
Figur 02: Poängfunktion i korthet
Den huvudsakliga tillämpningen av molekylär poängsättning är i läkemedelsdesignprocesser-till exempel virtuell screening, de novo-design, leadoptimering, etc.
Vad är skillnaden mellan molekylär dockning och poängsättning?
Molekylär dockning och poängsättning är viktiga i molekylär modellering. Den viktigaste skillnaden mellan molekylär dockning och poängsättning är att dockning är en teknik som används för att bestämma bindningsaffiniteten mellan två molekyler medan poängsättning är en process för att utvärdera en viss ställning genom att räkna antalet gynnsamma intermolekylära interaktioner.
Följande infografik sammanfattar skillnaden mellan molekylär dockning och poängsättning.
Sammanfattning – Molekylär dockning vs poäng
Molekylär dockning och poängsättning är viktiga i molekylär modellering. Den viktigaste skillnaden mellan molekylär dockning och poängsättning är att dockning är en teknik som används för att bestämma bindningsaffiniteten mellan två molekyler medan poängsättning är en process för att utvärdera en viss ställning genom att räkna antalet gynnsamma intermolekylära interaktioner.
