Den viktigaste skillnaden mellan FASTA och FASTQ är att FASTA är ett textbaserat format som endast lagrar nukleotid- eller proteinsekvenser, medan FASTQ är ett textbaserat format som lagrar både sekvens- och tillhörande sekvenskvalitetsvärden.
Bioinformatik är ett område som använder olika programvaror för att analysera och förstå biologiska data, särskilt när datauppsättningen är komplex och stor. Detta område kombinerar biologi, kemi, fysik, datavetenskap, informationsteknik, matematik och statistik för att analysera och tolka biologiska data. FASTA och FASTQ är två format för sekvensrepresentation inom området bioinformatik för att anpassa och analysera sekvenser. Faktum är att FASTQ är ett sekvensfilformat som utökar FASTA-formatet med möjligheten att lagra sekvenskvaliteten.
Vad är FASTA?
FASTA är en anpassningsprogramvara för DNA- och proteinsekvenser. FASTA-programvaran använder FASTA-formatet. Det är ett textbaserat format som representerar antingen nukleotidsekvenser eller aminosyrasekvenser (protein). Här representerar enbokstavskoder båda dessa sekvenser. FASTA är ett viktigt verktyg inom bioinformatik och biokemi. Det här formatet tillåter sekvensnamn och kommentarer att föregå sekvenserna.
Figur 01: FASTA-sekvens
Detta format härstammar från FASTA-mjukvaran och introducerades av David J. Lipmann och William R. Pearson 1985. FASTA-verktyget hade många modifieringar över tiden, och den senaste versionen består av program för protein:protein, DNA:DNA, protein:översatt DNA (med ramförskjutningar) och ordnade eller oordnade peptidsökningar. FASTA läser en given nukleotid- eller aminosyrasekvens och letar efter motsvarande sekvensdatabas genom att använda lokal sekvensanpassning för att hitta matchningar av liknande databassekvenser.
Vad är FASTQ?
FASTQ är en anpassningsprogramvara som används inom bioinformatik, som lagrar både en biologisk sekvens (vanligtvis nukleotidsekvens) och dess motsvarande kvalitetspoäng. FASTQ utvecklades ursprungligen för att paketera en FASTA-formaterad sekvens och tillhörande kvalitetsdata av Wellcome Trust Sanger Institute. Med utvecklingen inom bioinformatikområdet blev FASTQ de facto standarden för att lagra utdata från många högkapacitetssekvenseringsinstrument.
FASTQ-formatet använder fyra olika rader per sekvens. Rad 1 börjar med @-tecken och följs av en sekvensidentifierare (liknar en FASTA-titelrad). Rad 2 består av råa sekvensbokstäver. På rad 3 börjar sekvensen med ett "+"-tecken och följs eventuellt av samma sekvensidentifierare. Rad 4 kodar kvalitetsvärdena för sekvensen i rad 2 och ska bestå av samma antal symboler som bokstäver i sekvensen.
Vilka är likheterna mellan FASTA och FASTQ?
- FASTA och FASTQ är anpassningsverktyg.
- De är två sekvensrepresentationsformat.
- Båda är relaterade till området bioinformatik.
- Både FAST och FASTQ är viktiga verktyg för lagring och sekvensering.
- FASTQ är en förlängning av FASTA-formatet med möjligheten att lagra sekvenskvaliteten.
Vad är skillnaden mellan FASTA och FASTQ?
FASTA är ett textbaserat format som endast lagrar nukleotid- eller proteinsekvenser, medan FASTQ är ett textbaserat format som lagrar både sekvens- och tillhörande sekvenskvalitetsvärden. Detta är alltså den viktigaste skillnaden mellan FASTA och FASTQ. Dessutom lagrar FASTA sekvensfragment efter att ha kartlagts, medan FASTQ lagrar sekvensfragment före kartläggning. Dessutom är en annan skillnad mellan FASTA och FASTQ att FASTA består av en beskrivningsrad och FASTAQ består av fyra rader.
Infografiken nedan visar skillnaderna mellan FASTA och FASTQ i tabellform för jämförelse sida vid sida.
Sammanfattning – FASTA vs FASTQ
Bioinformatik använder olika format av sekvenser som FASTA och FASTQ, etc. FASTA lagrar sekvensfragment efter att ha kartlagts medan FASTQ lagrar sekvensfragmenten före mappning. FASTA är en anpassningsprogramvara för DNA och proteinsekvens. Den består av program för protein:protein, DNA:DNA, protein:översatt DNA (med ramförskjutningar), och ordnade eller oordnade peptidsökningar. FASTQ är en anpassningsprogramvara som används inom bioinformatik och lagrar både en biologisk sekvens (vanligtvis nukleotidsekvens) och dess motsvarande kvalitetspoäng. FASTA består av en beskrivningsrad och FASTQ består av fyra rader. Så detta sammanfattar skillnaden mellan FASTA och FASTQ.
