Agarose vs polyakrylamid
Agaros och polyakrylamid är båda vattenlösliga polymerer men mellan dem kan många skillnader ses, med början från deras ursprung. Både agaros och polyakrylamid har något gemensamt i sin förmåga att bilda porösa gelmatriser. Trots detta finns det ett antal distinkta skillnader mellan de två. De största skillnaderna mellan båda dessa polymerer ligger i deras ursprungsbeskaffenhet, kemiska struktur, deras olika användningsområden och deras prestanda när det gäller gelelektrofores.
Vad är Agarose?
Agaros är en naturligt förekommande linjär polymer som i sin tur härrör från en komplex polymer som kallas agar som finns i tång. Agaros extraheras från agar genom att dess proteinkomponent som kallas agaropektin avlägsnas. Agaros är det som ger agar dess förmåga att bilda geler.
Agaros används huvudsakligen i mikrobiologiska och molekylärbiologiska studier. I mikrobiologiska studier ger agaros, när det kompletteras med lämpliga näringsämnen, en solid bas för att odla mikroorganismer som bakterier och svampar. När det används i halvfasta koncentrationer kan det vara användbart för att bedöma rörligheten hos dessa mikroorganismer. Inom molekylärbiologi fungerar det som ett viktigt verktyg för en av de mest grundläggande upplösningsprocesserna som kallas "gelelektrofores" eller "agarosgelelektrofores" (AGE). Gelelektrofores är en process som möjliggör upplösning eller separation av nukleinsyror eller protein baserat på deras storlek och laddning. Här fungerar agaros som en porös siktliknande gel genom vilken separation sker.
Agarose Structure
Vad är polyakrylamid?
Polyakrylamid är en syntetisk polymer och används i en mängd olika industrier. Som tidigare nämnts är dess användning beroende av dess förmåga att bilda geler. Men utöver detta utnyttjas dess förmåga att hålla kvar och dränera vatten i olika koncentrationer också i olika industrier.
Den mest utbredda och vanliga användningen av polyakrylamid är vid rening av avloppsvatten. Här används det som ett flockningsmedel för att avlägsna eventuellt suspenderat organiskt material; därmed förbättra grumligheten och klarna vattnet. En annan användning av polyakrylamid är inom pappersindustrin. Här används den för att antingen hålla kvar eller tömma vatten från pappersmassan efter behov. På liknande sätt används den inom jordbruks- och byggbranschen som jordförbehandlingsmedel för att förhindra jorderosion och förbättra dess kvalitet.
Liksom agaros används även polyakrylamid inom molekylärbiologin som ett viktigt upplösningsverktyg i en liknande process som kallas "Polyakrylamidgelelektrofores" (PAGE). Utöver allt detta används polyakrylamid även vid malmbearbetning och tillverkning av flockningsmedel för att avlägsna eventuellt suspenderat organiskt material; därmed förbättra grumligheten och klarna vattnet. En annan användning av polyakrylamid är inom pappersindustrin. Här används den för att antingen hålla kvar eller tömma vatten från pappersmassan efter behov. På liknande sätt används den inom jordbruks- och byggnadsindustrin som ett jordbehandlingsmedel för att förhindra jorderosion och förbättra dess kvalitet. Utöver allt detta används polyakrylamid även vid tillverkning av livsmedelstillsatser, mjuka kontaktlinser och textilier.
Polyakrylamidstruktur
Vad är skillnaden mellan agaros och polyakrylamid?
Ursprung till agaros och polyakrylamid:
Agaros: Agaros är en polymer av naturligt ursprung. Det härrör från tång.
Polyakrylamid: Polyakrylamid är av syntetiskt ursprung och finns inte under några naturliga omständigheter.
Molekylformel av agaros och polyakrylamid:
Agaros: Molekylformeln för agaros är C24H38O19.
Polyakrylamid: Den molekylära formeln för polyakrylamid är (C 3H5NO)n.
Kemisk struktur av agaros och polyakrylamid:
Agaros: Agaros är en linjär polysackarid. Den består av återkommande disackaridenheter som kallas agrobios som hålls samman av vätebindningar.
Polyakrylamid: Polyakrylamid är en kemiskt tvärbunden polymer. Den består av akrylamidmonomerer och ett tvärbindningsmedel N,N’-metylenbisakrylamid.
Toxicity av agaros och polyakrylamid:
Agaros: Både agaros och dess monomerenhet agrobios är icke-toxiska till sin natur.
Polyakrylamid: Monomerenheten i polyakrylamid, akrylamiden, är ett förmodat cancerframkallande ämne och känt neurotoxin medan dess polymeriserade form är ogiftig till sin natur.
Egenskaper hos agaros- och polyakrylamidgeler:
AGE och PAGE:
Agarose: Agarosegelpreparat för AGE är mindre tidskrävande, enkelt och enkelt och kräver ingen initiator eller polymeriserande katalysator.
Polyakrylamid: Beredning av polyakrylamidgel för PAGE är tidskrävande och tråkig och kräver också en initiator (ammoniumpersulfat) och polymeriserande katalysator (N, N, N', N'-tetrametyletylendiamin – TEMED).
Nature:
Polyakrylamidgeler är kemiskt mer stabila än agarosgeler.
Porstorlek:
Med samma koncentration tenderar polyakrylamidgelmatriser att ha mindre porstorlekar jämfört med en agarosgelmatris.
Ändra porstorlek:
Polyakrylamidgelernas porstorlek kan ändras på ett mer kontrollerat sätt än agarosgelernas.
Lösningskraft:
Polyakrylamidgeler har hög upplösningsförmåga medan agarosgeler har låg upplösningsförmåga.
Accommodating Nucleic Acid:
Polyakrylamidgeler kan ta emot större mängder nukleinsyra än agarosgeler för upplösning.
