Key Difference – Exome vs Transcriptome
En gen innehåller kodande och icke-kodande regioner inom den. Kodande sekvenser är kända som exoner, och icke-kodande sekvenser är kända som introner. Nukleotidsekvensen för exonerna av en gen representerar den genetiska koden för genen för att syntetisera det specifika proteinet. Följaktligen finns exoner kvar i mRNA-molekylen. Den totala exonregionen av genomet är känd som exom, och det är en viktig del av genomet. Den genetiska koden för generna omvandlas till den genetiska koden för mRNA-molekylen, som behövs för produktionen av protein. Hela mRNA-molekylerna som transkriberas i en cell eller en cellpopulation åt gången är känd som ett transkriptom. Den viktigaste skillnaden mellan exom och transkriptom är att exom representerar sekvenserna för exonregionerna i genomet medan transkriptom representerar det totala mRNA:t för en cell eller en vävnad vid en given tidpunkt.
Vad är Exome?
Gener är sammansatta av exoner, introner och regulatoriska sekvenser. Exoner är de genregioner som transkriberas till mRNA-sekvens under transkriptionen. Introner och andra icke-kodande regioner tas bort under transkriptionen. Nukleotidsekvensen av exoner bestämmer den genetiska koden för genen som syntetiserar det specifika proteinet den kodar för. Endast exoner finns kvar inom mRNA i ett protein. Samlingen av exoner i genomet är känd som exom av en organism. Det representerar en del av genomet som uttrycks i gener. Hos människor utgör exome 1% från genomet. Det är den proteinkodande delen av det mänskliga genomet.
Figur 01: Exome
Vad är Transcriptome?
Transkriptomet är samlingen av alla proteinkodande och icke-kodande transkript (RNA) i en given vävnad. Transkriptom representerar samlingen av totala mRNA-molekyler som uttrycks av generna i en cell eller en vävnad. Transkriptomet av en cell kan varieras med transkriptomet av en annan celltyp. Transkriptomet är också dynamiskt – det förändras med tiden som svar på både inre och yttre stimuli. Även inom samma vävnad eller inom samma celltyp kan transkriptomet förändras efter några minuter.
Transkriptom skiljer sig från exom av en organism. Transkriptom inkluderar endast de uttryckta exomsekvenserna. Även om exomet för en cell förblir detsamma, skiljer sig transkriptomet mellan celler eftersom genuttrycket inte är detsamma för alla celler eller vävnader. Endast essentiella gener uttrycks i olika celler och vävnader. Genuttryck är en vävnads- eller celltypsspecifik process. Det regleras av olika faktorer inklusive miljöfaktorer. Därför kan transkriptomet variera med yttre miljöförhållanden.
Transkriptom används som en prekursor för proteomikstudier. Alla proteiner härrör från mRNA-sekvenser. Translationella modifieringar kan resultera i förändringar i proteiner. Transkriptom tillhandahåller dock viktig grundläggande information för proteomstudierna.
Figur 02: Transkriptom av embryonala stamceller
Vad är skillnaden mellan Exome och Transcriptome?
Exome vs Transcriptome |
|
| Exome är samlingen av proteinkodande region av generna. | Transcriptome är samlingen av allt transkriberat RNA inklusive mRNA. |
| Sample | |
| Exome studeras med DNA-prov. | Transkriptom studeras med ett RNA-prov. |
| Studiemetod | |
| Hel exome-sekvensering är metoden för att studera exome. | RNA-sekvensering är metoden för att studera transkriptom. |
Sammanfattning – Exome vs Transcriptome
Exoner är de kodande sekvenserna för generna och bestämmer proteinernas mRNA-sekvenser. Samlingen av dessa kodande sekvenser (exoner) är känd som exom av en organism. Gener transkriberas till mRNA-molekyler innan proteiner tillverkas. De totala mRNA-molekylerna i en cell eller en vävnad vid varje given tidpunkt är kända som transkriptom. Transkriptom representerar de gener som aktivt uttrycks i mRNA vid varje given tidpunkt. Transkriptom är cell- och vävnadsspecifikt och påverkar miljöförhållandena. Det här är skillnaden mellan exom och transkriptom.
