Key Difference – Proteomics vs Transcriptomics
Omic-teknologin är en aktuell trend, där de olika biomolekylerna i en organism ses som en hel samling med hänsyn till dess egenskaper och funktioner. Omic-tekniken har ett brett spektrum av tillämpningar. De olika omikerna för ett biologiskt prov inkluderar genomik, proteomik, transkriptomik och metabolomik. Proteomics innebär en fullständig studie av alla proteiner i en levande organism. Det definieras som uppsättningen av alla uttryckta proteiner i en organism, dess strukturella och funktionella egenskaper. Den kompletta uppsättningen av proteiner bildar därför proteomet. Transcriptomics är den kompletta studien av alla budbärar-RNA (mRNA)-molekyler som finns i en levande organism. Således handlar transkriptomik om de gener som aktivt uttrycks i en levande organism. Den totala uppsättningen av mRNA i en levande organism kallas transkriptom. Den viktigaste skillnaden mellan Proteomics och Transcriptomics är baserad på typen av biomolekyl. Inom proteomik studeras den totala uppsättningen av uttryckta proteiner i en levande organism, medan i transkriptomik studeras det totala mRNA:t från en levande organism.
Vad är Proteomics?
Begreppet proteomics myntades år 1995 och definierades från början som det totala proteinkomplementet i en cell, vävnad eller en organism. Med framsteg inom proteomstudier modifierades det sedan för att betraktas som ett paraplybegrepp där många studieområden ingick. För närvarande, under ämnet proteomics, studeras strukturen, orienteringen, funktionerna, dess interaktioner, dess modifieringar, dess tillämpningar och vikten av proteiner. Därför bedrivs mycket forskning inom området proteomik för närvarande.
De första proteomiska studierna gjordes för att identifiera proteininnehållet i Escherichia coli. Kartläggningen av det totala proteininnehållet gjordes med användning av tvådimensionella (2D) geler. Efter framgången med detta gick forskare vidare till att karakterisera det totala proteininnehållet i djur som marsvin och möss. För närvarande görs kartläggning av mänskliga proteiner med hjälp av 2D-gelelektrofores.
Proteomicsapplikationer
Det finns många fördelar med att studera proteomik, eftersom proteiner är de styrande molekylerna för det mesta av aktiviteten på grund av proteiners katalysatoregenskaper. Således kan studiet av hela proteiner ge information om en organisms hälsostatus. Vissa applikationer är;
- Genomanteckning: Genom att studera proteininnehållet i en organism kan de exakta genomen som är ansvariga för den aktiva proteinföreningen bestämmas. I detta scenario är resultat från all genomik, transkriptomik och proteomik viktiga.
- Sjukdomsidentifiering / Diagnostik: Proteomics används för att identifiera sjukdomstillståndet genom att jämföra friska och sjuka
- För att utföra proteinuttryck som studerats under experiment.
- Proteinmodifieringar och interaktionsstudier: För att använda proteiner in vitro-förhållanden eller och in vivo-förhållanden, för att bestämma lagringsförhållandena för dessa extraherade proteiner och för att studera proteinets beteende in vitro, in vivo och in – silico-metoder.
Figur 01: Proteomics
Det finns olika tekniker involverade i proteomics
- Extraktion av det totala proteinet och separering av proteinerna med hjälp av 2D-gelelektrofores. Proteiner kan också separeras med högpresterande vätskekromatografi (HPLC).
- Sekvensering av de extraherade proteinerna med metoder som Edmunds sekvenseringsmetod eller masspektrometri.
- När sekvenserna har identifierats analyseras strukturella och funktionella egenskaper hos proteininnehållet med hjälp av datorbaserad programvara och bioinformatikverktyg.
Vad är Transcriptomics?
Transkriptomtermen myntades nyligen. Transcriptomics är studiet av det totala mRNA-innehållet i en organism. Det totala mRNA:t är det uttryckta DNA:t i en levande organism eller en cell. Den fullständiga samlingen av mRNA kallas ett transkriptom.
Stegen mot att analysera transkriptomet inkluderar
- Extraktion av RNA, separation av mRNA med kolonngelkromatografi med poly DT-kulor.
- Sekvenseringen av mRNA är klar.
Microarray-teknologi är ett vanligt sätt att identifiera transkriptomet av en organism. Mikroarraytekniken involverar en sondplatta med de komplementära strängarna av transkriptomen. Vid hybridisering kan mRNA som finns i organismen eller cellerna karakteriseras.
Figur 02: Transkriptomiska tekniker
Transcriptomics används nu flitigt inom det medicinska området. Sjukdomsdiagnostik och sjukdomsprofilering är huvudområden där Transcriptomics används. Genom att analysera ett transkriptom av en organism kan främmande mRNA identifieras, och om det finns några infektioner kan det identifieras. Det icke-kodande RNA:t kan separeras med hjälp av transkriptomiska teknologier. Och även uttrycket av gener under olika miljöpåfrestningar kan övervakas.
Vilka är likheterna mellan Proteomics och Transcriptomics?
- Båda utgör en del av konceptet omic technology.
- Båda används i sjukdomsdiagnostik och sjukdomskarakterisering av en organism.
- Båda studieområdena involverade extraktion av biomolekylen, separation av biomolekylen och sekvenseringssteg.
Vad är skillnaden mellan proteomik och transkriptomik?
Protemics vs Transcriptomics |
|
| Proteomics involverar en fullständig studie av alla proteiner i en levande organism. | Transcriptomics är den kompletta studien av alla budbärar-RNA (mRNA)-molekyler som finns i en levande organism. |
| Studerad biomolekyltyp | |
| Proteiner studeras i proteomik. | mRNA studeras i transkriptomik. |
| Factors Studed | |
| Struktur, funktion, interaktioner, modifieringar och tillämpningar av proteinerna studeras i proteomik. | Sekvensstruktur, interaktioner med miljön och tillämpningar av mRNA:t studeras i transkriptomik. |
Sammanfattning – Proteomics vs Transcriptomics
Omics spelar en viktig roll inom biovetenskap. Proteomics hänvisar till studiet av proteomet som bildar de kompletta samlingarna av proteiner i en cell eller en organism. Transcriptomics hänvisar till studiet av transkriptomet som är den kompletta uppsättningen av uttryckt DNA som är i form av mRNA. De två studieområdena, proteomik och transkriptomik, härleddes efter introduktionen av genomik och används för närvarande flitigt inom medicinsk diagnostik och vid karakterisering och screening av organismer. Det här är skillnaden mellan proteomik och transkriptomik.
Ladda ned PDF-filen för Proteomics vs Transcriptomics
Du kan ladda ner PDF-versionen av den här artikeln och använda den för offlineändamål enligt citat. Ladda ner PDF-versionen här: Difference Between Proteomics and Transcriptomics
