Nyckelskillnaden mellan riktad och oriktad proteomik är att den riktade proteomiken syftar till att mäta mängden av ett specifikt protein medan oriktad proteomik inte riktar sig mot ett specifikt protein.
Proteomics är den storskaliga studien av proteiner, deras strukturer och funktioner. Den studerar hela proteinkomplementet i en cell, vävnad eller en organism under specifika förhållanden. Det finns två typer av proteomik som riktad proteomik och oriktad proteomik.
Vad är Targeted Proteomics?
Som namnet antyder riktar sig riktad proteomik till ett specifikt protein eller en peptid i en komplex blandning av proteiner för analys. Sedan analyserar den närvaron och kvantiteten av det förvalda specifika proteinet. Denna metod är möjlig för endast ett prov eller för flera prover. Denna metod är lämplig även för en specifik grupp av proteiner. Det resulterar i mer exakta, kvantitativa och känsliga uppgifter. Dessutom ger masspektrometri i kombination med riktad proteomik mer exakta tillförlitliga mätningar. Denna metod använder trippelkvadrupolmasspektrometer (QQQ) för sin analys.
Figur 01: Proteomics
Targeted proteomics är en lämplig metod om du vill verifiera om ett knockdown-mål faktiskt har slagits ner eller när du vill kvantifiera ett visst protein/peptid i blodserum, hjärnvätska eller i cellysat etc. Du kan också använd den om du vill kontrollera om ett visst protein uttrycks differentiellt över prover eller under ett tidsförloppsexperiment.
Vad är Untargeted Proteomics?
Oriktad proteomik, som namnet nämner, riktar sig inte mot ett specifikt protein eller peptid för analysen. Discovery proteomics är ett annat namn för Untargeted proteomics. I själva verket är det en mer "global" analys. I allmänhet är att utföra oriktad proteomik att svara på frågan "vilket protein eller vilka proteiner finns i detta prov eller flera prover?". Denna metod är inte känslig som riktad proteomik. Men det kan identifiera och mäta många proteiner inklusive nya proteiner. Oriktad proteomik kan producera både kvantitativa och kvalitativa mätningar.
Vilka är likheterna mellan riktad och oriktad proteomik?
- Både riktad och oriktad proteomik mäter proteiner i prover.
- De är viktiga i proteomanalys.
- De här metoderna använder masspektrometri.
Vad är skillnaden mellan riktad och oriktad proteomik?
För det första är riktad proteomik bestämningen av närvaron och mängden av ett visst protein eller peptid i en komplex blandning av proteiner. Däremot är oriktad proteomik den kvantitativa och kvalitativa studien av proteiner som finns i ett prov eller prover utan att rikta in sig på ett visst protein. Riktad proteomik utförs med förutvalda eller riktade proteiner medan oriktad proteomik utförs för att ta reda på typerna av proteiner i detta prov. Dessutom är riktad proteomik känsligare än oriktad proteomik.
Sammanfattning – Riktad vs Oriktad Proteomics
Sammanfattningsvis är riktad och oriktad proteomik två typer av proteinstudier. Som deras namn antyder, riktar sig riktad proteomik till ett specifikt protein medan oriktad proteomik inte riktar sig mot ett specifikt protein. Detta är skillnaden mellan riktad och oriktad proteomik.
