Den viktigaste skillnaden mellan NGS och WGS är att nästa generations sekvensering (NGS) är en massivt parallell andra generationens sekvenseringsteknik som är hög genomströmning, låg kostnad och snabb, medan helgenomsekvensering (WGS) är en omfattande metod för att analysera hela genomiskt DNA i en cell på en gång genom att använda sekvenseringstekniker som Sanger-sekvensering, shotgun approach eller high throughput NGS-sekvensering.
Under de senaste decennierna har förståelsen av genomet hos människor och andra djur ökat enormt på grund av upptäckten av snabba sekvenseringstekniker och bioinformatiska verktyg. Konventionella sekvenseringstekniker som Sanger-sekvensering hade sina begränsningar, vilket krävde utvecklingen av nya snabba sekvenseringsmetoder som nästa generations sekvensering (NGS) och nanopore-sekvensering. Helgenomsekvenseringstekniken (WGS) är ett nytt tillvägagångssätt som redan används i många genomiska forskningsprojekt, såsom 100 000 genomiska projekt av Genomic England, Storbritannien. Så, NGS och WGS är två sekvenseringsmetoder som för närvarande ingår i många genomiska projekt.
Vad är NGS?
NGS (nästa generations sekvensering) är en massivt parallell andra generationens sekvenseringsteknik som är hög genomströmning, låg kostnad och snabb. Det finns ingen exakt definition för nästa generations sekvensering. Men vi kan tydligt skilja det från konventionella kapillärbaserade sekvenseringstekniker. Nästa generations sekvensering tillåter sekvensering av en DNA-molekyl med en total storlek större än 1 miljon baspar i ett enda experiment. Det erbjuder oöverträffad hastighet och hög genomströmnings alternativ, som att tillåta sekvensering av DNA från flera individer samtidigt. Detta uppnås genom att miniatyrisera volymen av individuella sekvenseringsreaktioner. Dessutom begränsar detta också storleken på instrumenten och minimerar kostnaden för reagenser per reaktion.
Figur 01: NGS-plattformar
NGS är en kortläst sekvenseringsmetod som redan har revolutionerat det biologiska forskningsfältet. Dessutom används NGS inom olika områden som de novo genomsekvensering, helgenomsekvensering, transkriptomanalys, små RNA- och mikro-RNA-sekvensering, målinriktad återsekvensering och helexomsekvensering.
Vad är WGS?
WGS (helgenomsekvensering) är en omfattande metod för att analysera hela genomiskt DNA i en cell på en gång genom att använda sekvenseringstekniker som Sanger-sekvensering, shotgun-metoden eller NGS-sekvensering med hög genomströmning. Det är också känt som fullständig genomsekvensering eller fullständig genomsekvensering. Helgenomsekvensering innebär sekvensering av hela en organisms kromosomala DNA såväl som DNA i mitokondrier, och för växter, DNA i kloroplasten på en gång. WGS gör det möjligt för forskare att läsa den exakta sekvensen av alla bokstäver som utgör hela DNA-uppsättningen. WGS som använder NGS-plattformen förväntas revolutionera den kliniska installationen.
Figur 02: WGS vs Hierarchical Shotgun Sequencing
Helgenomsekvensering introducerades i klinisk vård 2014. Vidare involverar tillämpningen av WGS gensekvensering på SNP-nivå för att lokalisera funktionella varianter i associationsstudier, terapeutisk intervention i personlig medicin, evolutionär biologi, jämförande genomisk analys, mutations- och omarrangemangsstudier, associationsstudier med sällsynta varianter och förutsägelse av sjukdomskänslighet och läkemedelssvar.
Vilka är likheterna mellan NGS och WGS?
- NGS och WGS är två sekvenseringstekniker.
- Båda teknikerna sekvenserar antingen DNA eller RNA.
- De här teknikerna är nya och pålitliga.
- De används båda för att diagnostisera sjukdomar och upptäckt av läkemedel.
Vad är skillnaden mellan NGS och WGS?
NGS är en massivt parallell andra generationens sekvenseringsteknologi som är hög genomströmning, låg kostnad och snabb, medan WGS är en omfattande metod för att analysera hela genomiska DNA från en cell på en gång genom att använda sekvenseringstekniker som t.ex. som Sanger-sekvensering, shotgun-inflygning eller NGS-sekvensering med hög genomströmning. Så detta är den viktigaste skillnaden mellan NGS och WGS. Dessutom består NGS endast av andra generationens sekvenseringsmetoder medan WGS består av första, andra och tredje generationens sekvenseringsmetoder.
Följande tabell presenterar skillnaderna mellan och NGS och WGS i tabellform för jämförelse sida vid sida.
Sammanfattning – NGS vs WGS
Under de senaste decennierna har olika sekvenseringstekniker rutinmässigt använts i samtida molekylär forskning. Och även de är mycket kraftfulla verktyg för många kliniska tillämpningar. NGS och WGS är två sekvenseringsmetoder som för närvarande ingår i många genomiska projekt. NGS är en andra generationens sekvenseringsteknik som är hög genomströmning, låg kostnad och snabb. Å andra sidan är WGS en metod för att analysera hela genomiskt DNA eller fullständigt genomiskt DNA från en cell på en gång genom att använda sekvenseringstekniker som Sanger-sekvensering, shotgun-metoden eller NGS-sekvensering med hög genomströmning. Så det här är sammanfattningen av skillnaden mellan NGS och WGS.
