Nyckelskillnaden mellan slumpmässiga primrar och oligo dT är att den slumpmässiga primern är en blandning av alla möjliga hexamer-oligonukleotidsekvenser, medan oligo dT-primern består av en enkelsträngad sträcka av 12–18 deoxitymidiner.
Omvänd transkription är en mekanism i vilken cDNA kan syntetiseras med hjälp av mRNA eller vilken art av RNA som helst. För att producera cDNA bör omvänt transkriptasenzym och andra nödvändiga komponenter tillhandahållas, särskilt mall och primrar. Primers är de korta DNA-sekvenser som är specifikt utformade för amplifiering av målsekvenserna. Slumpmässiga primers och oligo dT-primers är två vanliga typer av primers som används vid omvänd transkription. Därför är slumpmässig primer eller oligo dT-primer korta DNA-oligonukleotidsekvenser som krävs för att omvänt transkriptas ska initiera omvänd transkription. Beroende på RNA-mallen kan lämplig primer väljas bland dessa två primertyper.
Vad är Random Primers?
Slumpmässig primer är en blandning av oligonukleotider som representerar alla möjliga hexamersekvenser. Primersekvens för slumpmässig primer är 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T eller C. Därför kan slumpmässiga primrar användas för amplifiering av enkelsträngat DNA eller RNA med DNA-polymeras eller omvänt transkriptas, respektive. Dessutom är slumpmässig primerblandning kapabel att amplifiera alla regioner av RNA:t för att generera cDNA. Således producerar den olika längder av cDNA.
Figur 01: Random Primers
Det viktigaste är att den slumpmässiga primerblandningen inte visar mallspecificitet. Det är oförmöget att särskilja mRNA och andra RNA-arter. Och det hybridiserar med vilken art av RNA som helst i provet. Slumpmässig primerblandning är dock lämplig för omvänd transkription av RNA utan poly(A)-svansar, såsom rRNA, tRNA, icke-kodande RNA, små RNA, prokaryota mRNA etc., nedbrutet RNA och RNA med kända sekundära strukturer.
Vad är Oligo dT?
Oligo dT-primer är en sträcka av 12 – 18 deoxytymin (dT). Primersekvensen kan representeras som 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3. Det används för produktion av cDNA från mRNA som innehåller poly(A)-svans. I grund och botten fungerar det som en primer för reaktionen som katalyseras av omvänt transkriptas. Under den omvända transkriptionen hybridiserar oligo dT-primern med den polyadenylerade svansen som finns på 3´-änden av de flesta eukaryota mRNA och startar processen.
Figur 02: Omvänd transkription med Oligo dT Primer
Till skillnad från slumpmässig primer är oligo dT-primer inte lämplig för nedbrutet RNA eller RNA som saknar poly(A)-svansar, inklusive prokaryot RNA och mikroRNA.
Vilka är likheterna mellan Random Primers och Oligo dT?
- Slumpmässig primer och oligo dT-primer är två typer av primers som används vid omvänd transkription och framställning av cDNA.
- Användning av slumpmässig primer och oligo dT-primer tillsammans ökar känsligheten för cDNA-syntes.
- De är enkelsträngade korta nukleotidsekvenser.
Vad är skillnaden mellan Random Primers och Oligo dT?
Slumpmässig primer är en kort oligonukleotidsekvens som består av en slumpmässig sekvens. Samtidigt är oligo dT-primer en kort sträng som består av 12 till 18 deoxitymidiner. Så detta är nyckelskillnaden mellan slumpmässiga primrar och oligo dT. Sekvensen av slumpmässig primer är 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T eller C. Medan sekvensen för oligo dT primer är 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3´. Därför kan vi betrakta detta som en annan skillnad mellan slumpmässiga primrar och oligo dT.
Dessutom visar slumpmässiga primrar inte mallspecificitet, och de hybridiserar med vilken art av RNA som helst, medan oligo dT-primers visar specificitet för poly(A)-svansar av eukaryot mRNA.
Infografiken nedan sammanfattar skillnaden mellan slumpmässiga primers och oligo dT.
Sammanfattning – Random Primers vs Oligo dT
Slumpmässig primer och oligo dT-primer är två typer av primrar som används i cDNA-syntes. Slumpmässig primer består av en blandning av oligonukleotider, som representerar alla möjliga hexamersekvenser, medan oligo dT-primer är en enkelsträngad sekvens av 12 till 18 deoxitymidiner. Så detta är nyckelskillnaden mellan slumpmässiga primrar och oligo dT. Dessutom är oligo dT-primrar användbara för fullängds omvänd transkription av RNA med poly(A)-svans, medan slumpmässiga primrar är användbara för omvänd transkription av de flesta RNA-arter, inklusive nedbrutet RNA, RNA som saknar poly(A)-svansar och RNA-innehållande sekundära strukturer. Därför visar den slumpmässiga primern inte mallspecificitet medan oligo dT-primern visar specificitet mot eukaryot mRNA som innehåller poly(A)-svans.
