Nyckelskillnaden mellan synteny och collinearity är att synteny är den fysiska samlokaliseringen av genetiska loci på samma kromosom hos arter, medan kollinearitet är den fysiska samlokaliseringen av genetiska loci på samma kromosom i olika arter som bevarar samma beställning.
Synteny och collinearity är två termer som används omväxlande inom genomik. Båda termerna beskriver genlokaliseringsmönstren på kromosomer hos olika arter. Dessa relaterade genarrangemang bland taxa är värdefull information när man kan sluta sig till delade anor till gener. Synteny hänvisar till den fysiska samlokaliseringen av genetiska loci på samma kromosom hos arter. Kollinearitet hänvisar till den fysiska samlokaliseringen av genetiska loci på samma kromosom i olika arter som bevarar samma ordning. Därför är det en form av synteny.
Vad är Synteny?
Hos olika arter finns det en uppsättning gener på samma kromosom. Och denna fysiska samlokalisering av gener på samma kromosom i olika arter är känd som synteny. Dessutom finns dessa gener mycket nära varandra på en enda kromosom. Ordningen på generna behöver inte nödvändigtvis vara densamma. Men lokaliseringen av gener nära varandra på samma kromosom sker i synteny. Därför beskriver synteny främst fördelningsmönstret för gener på en kromosom. Dessa mönster av samlokalisering av gener indikerar relationer mellan olika arter och deras utveckling. Synteny kan emellertid störas på grund av kromosomala omarrangemang såsom translokationer, inversion och kromosomfusion, etc. duplikationer, förlust och ojämn homolog rekombination.
Figur 01: Synteny
Man tror att alla länkade gener är syntetiska. Men alla syntena gener är inte nödvändigtvis kopplade. De har gemensamma kromosomsekvenser. Människan har många syntetiska gener med andra däggdjur. Dessutom har många spannmål syntetiska gener.
Vad är Collinearity?
Kolinearitet är en mer specifik form av synteni där en uppsättning gener är belägna på samma kromosom av olika arter i samma ordning som hos förfädernas arter. Därför, om det finns en avvikelse från kollinearitet, kommer det att vara en mer tillförlitlig fylogenetisk karaktär eftersom kollinearitet förklarar geners delade härkomst.
Figur 02: Kolinearitet
Multiway collinearity analysis ger mycket mer tillförlitlig information om de relaterade arterna och deras fylogeni.
Vilka är likheterna mellan Synteny och Collinearity?
- I både synteny och collinearitet är en uppsättning loci i två olika arter belägna på samma kromosom.
- Dessa termer beskriver den fysiska samlokaliseringen av genetiska loci på samma kromosom.
- Kolinearitet är en mer specifik form av synteni.
- Ibland används båda termerna omväxlande i genomik.
- Om två regioner har kolinearitet är de uppenbarligen syntena.
- De är användbara för att sluta fylogeni.
Vad är skillnaden mellan Synteny och Collinearity?
Synteny och collinearity är två termer som används omväxlande inom genomik. Synteny hänvisar till den fysiska samlokaliseringen av en uppsättning gener i samma kromosom i olika arter. Kollinearitet är en form av synteni där uppsättningen gener är samlokaliserade i samma ordning bland de olika arterna. Därför är detta den viktigaste skillnaden mellan synteny och collinearity.
Sammanfattning – Synteny vs Collinearity
Termen synteny och collinearity refererar till en uppsättning gener som finns på samma kromosom hos olika arter. Faktum är att dessa gener är samlokaliserade i samma kromosom hos olika arter. Synteny beskriver den fysiska samlokaliseringen av uppsättningsgener på samma kromosom i olika arter, medan kollinearitet är en mer specifik form av synteni där uppsättningen gener samlokaliseras i samma ordning. Detta sammanfattar alltså skillnaden mellan synteny och collinearity.
