Nyckelskillnaden mellan DNA- och RNA-sonder är att DNA-sonder är fragment av DNA som är komplementära till målnukleotidsekvenser medan RNA-sonder är sträckor av enkelsträngat RNA som är komplementära nukleinsyrasekvenser av målsekvenser.
En sond är en artificiellt syntetiserad kort sekvens av DNA eller RNA som kan märkas radioaktivt eller med icke-radioaktiva molekyler. Den kan ha en längd på 100 till 1000 baser. Prober är användbara för att detektera målnukleotidsekvenser som är komplementära till sekvensen för sonden. När de väl har lagts till hybridiseras prober med de komplementära sekvenserna eller målsekvenserna och gör det synligt för att identifiera målsekvenserna eftersom det bär radioaktivitet. Prober är viktiga molekylära verktyg för inom många mikrobiella och molekylära områden såsom detektion av genetiska sjukdomar, i virologi, i rättsmedicinsk patologi, vid faderskapstestning, vid DNA-fingeravtryck, RFLP, molekylär cytogenetik, in situ hybridisering, etc.
Vad är DNA-sonder?
DNA-sonder är enkelsträngade DNA-sträckor. De kan användas för att detektera närvaron av komplementära nukleinsyrasekvenser (målsekvenser) genom hybridisering. När en DNA-sond har hybridiserat med dess komplementära sekvens, bildar den en dubbelsträngad hybrid. För att detektera dem märks DNA-sonder i allmänhet med radioisotoper, biotin, epitoper eller fluoroforer. DNA-sonderna märkta med biotin kan detekteras med streptavidinmärkt alkaliskt fosfatas genom ett antal enzymatiska och kemiska metoder.
Figur 01: DNA-sond
Nukleotidsekvensen för DNA-proben är känd. De är korta sekvenser med en längd på 100 till 1000 baspar. Långa DNA-sonder kan genereras med rekombinant DNA-teknologi. De kan också genereras genom PCR och kloning. I kliniska mikrobiologiska laboratorier är DNA-sonder lätt tillgängliga för snabb diagnos av infektionssjukdomar.
Vad är RNA-sonder?
RNA-sonder är enkelsträngade sträckor av RNA. De är komplementära sekvenser till målsekvenser i provet. De syntetiseras vanligtvis med RNA-polymeraserna från bakteriofagerna SP6, T7 eller T3 genom in vitro-transkription av DNA. Långa RNA-sonder kan genereras genom in vitro-transkription från linjäriserat plasmid-DNA. Generellt binder RNA-sonder starkt och tätare till sina komplementära sekvenser än DNA-sonder. I likhet med DNA-sonder kan RNA-sonder också märkas medan de transkriberas.
Vilka är likheterna mellan DNA- och RNA-sonder?
- Både DNA- och RNA-sonder är enkelsträngade nukleotidsekvenser.
- Båda är konstgjorda och syntetiserade.
- Dessutom kan de märkas med radioisotoper, epitoper, biotin eller fluoroforer.
- De har en stark affinitet till en specifik DNA- eller RNA-målsekvens.
- De används i olika blotting- och in situ-hybridiseringstekniker för detektion av målnukleinsyrasekvenser.
- Båda typerna av prober kan hybridiseras med deras komplementära sekvenser.
- De används också för att identifiera mikroorganismer och diagnostisera infektionssjukdomar, ärftliga och andra sjukdomar.
Vad är skillnaden mellan DNA- och RNA-sonder?
DNA-sond är en kort DNA-sträcka som är komplementär till målsekvensen. Å andra sidan är RNA-proben en kort enkelsträngad sträcka av RNA som är komplementär till målsekvensen. Detta är alltså nyckelskillnaden mellan DNA- och RNA-sonder. Dessutom innehåller DNA-sonder A, T, C och G medan RNA-sonder innehåller A, U, C och G.
Dessutom är en ytterligare skillnad mellan DNA- och RNA-sonder deras termodynamiska stabilitet. RNA-sonder visar större termodynamisk stabilitet jämfört med DNA-sonder.
Infografiken nedan visar de viktiga skillnaderna mellan DNA- och RNA-sonder.
Sammanfattning – DNA vs RNA-sonder
En sond är ett litet fragment av DNA eller RNA som används för att detektera närvaron av en specifik sekvens i provet av DNA eller RNA genom molekylär hybridisering. DNA-sonder är korta enkelsträngade DNA-fragment medan RNA-sonder är korta enkelsträngade RNA-sekvenser. De är kända sekvenser. Termodynamisk stabilitet är större i RNA-sonder än DNA-sonder. RNA-sonder binder tätt till sina komplementära sekvenser än vad DNA-sonder binder. Detta sammanfattar alltså skillnaden mellan DNA- och RNA-sonder.
