Den viktigaste skillnaden mellan LINEs och SINEs är att LINEs (långa interspersed nuclear elements) är en typ av längre icke-LTR-retrotransposoner medan SINEs (short interspersed nuclear elements) är en typ av mycket kortare icke-LTR-retrotransposoner.
Icke-LTR-retrotransposoner innehåller inte långa terminala upprepningar (LTR). Emellertid innehåller de gener för omvänt transkriptas, RNA-bindande protein, nukleas och ribonukleas H-domän. Icke-LTR-retrotransposoner har korta upprepningar. Dessa upprepningar har en omvänd ordning av baser bredvid varandra. Bortsett från det har icke-LTR-retrotransposoner också direkta upprepningar som finns i LRT-transposoner. Icke-LTR-retrotransposoner delas in i två kategorier som LINEs och SINEs.
Vad är LINEs?
LINEs (långa interspersed nukleära element) är längre icke-LTR-retrotransposoner. De är utbredda i arvsmassan hos eukaryoter. De utgör vanligtvis 21,1% av det mänskliga genomet. Varje LINE är cirka 7000 baspar lång. LINEs kan transkribera till mRNA och översättas till ett protein som kan fungera som ett omvänt transkriptasenzym. Detta omvända transkriptas producerar DNA-kopior av LINEs RNA. Dessa DNA-kopior kan integreras i genomet på en ny plats.
Figur 01: LINJER och SINE
Det mänskliga genomet har bara en riklig LINE som kallas LINE-1. LINE-1 element är cirka 6000 baspar långt. Det finns omkring 100 000 trunkerade LINE-1-element i det mänskliga genomet. Slumpmässig mutation kan förekomma i LINEs. På grund av slumpmässiga mutationer kan LINES degenerera. De transkriberas eller översätts inte längre. Dessutom är LINE:er grupperade i fem huvudgrupper såsom L1, RTE, R2, I och jockey. Dessa fem grupper delas upp i ytterligare 28 klader.
LINEs sprids norm alt genom en mekanism som kallas target-primed reverse transcription mechanism (TPRT). Insättning av LINE:er orsakar mänskliga sjukdomar som hemofili A, cancer, mendeliska sjukdomar, etc. Hypometylering av LINE:er utlöser också vissa typer av cancer.
Vad är SINEs?
SINEs (short interspersed nuclear elements) är en typ av mycket kortare icke-LTR-retrotransposoner. De är cirka 100 till 700 baspar långa. SINE är också DNA-element som amplifierar sig genom eukaryota genom genom RNA-intermediärer. SINEs utgör cirka 13% av däggdjursgenomet. De inre regionerna av SINEs härstammar från tRNA. Det är fortfarande mycket bevarat. De finns ofta hos många arter av ryggradsdjur och ryggradslösa djur. Kopieringsnumrets variation och mutationer i SINEs kan inkorporeras för att konstruera den fylogenibaserade klassificeringen av arter.
SINEs kan grupperas i tre huvudtyper: CORE-SINEs, V-SINEs och AmnSINEs. Alu-element är det vanligaste SINE hos primater. Dessutom finns det mer än 50 mänskliga sjukdomar associerade med införandet av SINE. När de sätts in i eller nära exoner kan de orsaka felaktig skarvning eller ändra läsramen. Detta leder till sjukdomsfenotyper såsom bröstcancer, tjocktarmscancer, leukemi, hemofili, cystisk fibros, tjocktarmscancer, Dents sjukdom, neurofibromatos, etc.
Vilka är likheterna mellan LINEs och SINEs?
- LINEs och SINEsär två typer av icke-LTR-retrotransposoner.
- Båda har inte långa terminalregioner (LTR).
- Båda finns till övervägande del endast i eukaryoter.
- De är båda icke-autonoma.
Vad är skillnaden mellan LINEs och SINEs?
LINEs är längre icke-LTR-retrotransposoner, medan SINEs är mycket kortare icke-LTR-retrotransposoner. Så detta är nyckelskillnaden mellan LINEs och SINEs. Dessutom kodar LINES för enzymet omvänt transkriptas, medan SINE inte kodar för enzymet omvänt transkriptas. Detta är alltså ytterligare en skillnad mellan LINEs och SINEs.
Fler skillnader mellan LINEs och SINEs listas nedan i tabellform för jämförelse sida vid sida.
Sammanfattning – LINEs vs SINEs
Retrotransposoner finns huvudsakligen i alla eukaryoter men saknas i prokaryoter. Ungefär 37 % av det mänskliga genomet innehåller retrotransposoner. Retrotransposoner är huvudsakligen två typer: LTR- och icke-LTR-retrotransposoner. Icke-LTR-retrotransposoner innehåller inte långa terminala upprepningar (LTR), som finns i LTR-retrotransposoner. Icke-LTR-retrotransposoner är vidare indelade i två kategorier: LINEs och SINEs. LINEs är längre icke-LTR-retrotransposoner, medan SINEs är mycket kortare icke-LTR-retrotransposoner. Detta är alltså sammanfattningen av skillnaden mellan LINEs och SINEs.
