Den viktigaste skillnaden mellan Shine Dalgarno- och Kozak-sekvensen är att Shine Dalgarno-sekvensen är ett ribosom alt bindningsställe i bakteriellt och arke alt budbärar-RNA, medan Kozak-sekvensen är ett initieringsställe för proteinöversättning i de flesta eukaryota budbärar-RNA:n.
Shine Dalgarno och Kozak-sekvensen är två konsensussekvenser som är mycket viktiga för översättningsinitiering. Inom molekylärbiologi är translation den process genom vilken ribosomer i cytoplasman syntetiserar proteiner efter transkriptionsprocessen. Vid translation avkodas ett mRNA (budbärar-RNA) i en ribosom för att producera en specifik aminosyrakedja utanför kärnan. Vanligtvis inducerar en ribosom avkodningsprocessen genom att underlätta bindningen av komplementära tRNA-antikodonsekvenser till mRNA-kodon. Översättningen sker i tre steg: initiering, förlängning och avslutning.
Vad är Shine Dalgarno Sequence?
Shine Dalgarno-sekvensen är ett ribosom alt bindningsställe i bakteriellt och arke alt budbärar-RNA. Det är i allmänhet beläget runt 8 baser uppströms om startkodonet AUG. Denna RNA-sekvens hjälper till att rekrytera ribosomer till budbärar-RNA:t genom att anpassa ribosomen med ett mRNA-startkodon. Således initierar det proteinsyntes. En gång efter rekryteringen kan tRNA:t lägga till aminosyror i sekvens som dikteras av mRNA-kodonen. Denna speciella sekvens är vanlig hos bakterier men sällsyntare hos arkéer. Dessutom finns det också i kloroplast- och mitokondriella transkript. Shine Dalgarno-sekvensen föreslogs först av de australiensiska forskarna John Shine och Lynn Dalgarno. Sexbaskonsensussekvensen är AGGAGG. Till exempel i Escherichia coli är sekvensen AGGAGGU.
Figur 01: Shine Dalgarno Sequence
Valet av initieringsställe (AUG) beror på interaktionen mellan 30S-subenheten av ribosom och mRNA-mall. Den pyrimidinrika regionen på 16srRNA-komponenten i 30S-subenheten binder till den purinrika regionen känd som Shine Dalgarno-sekvensen uppströms om AUG-initieringskodonet i mRNA. Vidare, under bildningen av initieringskomplexet, parar sig dessa komplementära nukleotidsekvenser för att bilda en dubbelsträngad RNA-struktur. Detta underlättar bindningen av mRNA till en ribosom på ett sådant sätt att initieringskodonet placeras vid ribosomens P-ställe.
Vad är Kozak Sequence?
Kozak-sekvensen är ett initieringsställe för proteinöversättning i de flesta eukaryota mRNA. Denna sekvens kallas även Kozak-konsensussekvensen. Kozak-sekvensen är den optimala sekvensen för att initiera translation i eukaryoter. Denna sekvens är en integrerad aspekt av proteinreglering. Det är också mycket viktigt för den övergripande cellulära hälsan. Det hjälper till att korrigera proteinöversättning från genetiska meddelanden genom att förmedla ribosomsammansättning och translationsinitiering.
Figur 02: Kozak-sekvens
Denna sekvens har fått sitt namn efter vetenskapsmannen som upptäckte den, Marilyn Kozak. Hon upptäckte det genom en detaljerad analys av DNA-genomiska sekvenser. Kozak-sekvensen är 5' (gcc) gccRccAUGG-3'. De stora bokstäverna indikerar konserverade baser, medan gemener indikerar vanliga variabla baser. R indikerar en purin (adenin eller guanin) som alltid är placerad på denna plats.
Vilka är likheterna mellan Shine Dalgarno och Kozak Sequence?
- Shine Dalgarno och Kozak-sekvensen är två konsensussekvenser som är mycket viktiga vid översättningsinitiering.
- Båda är RNA-sekvenser.
- Den mindre underenheten av ribosomen binder till båda sekvenserna.
- Båda sekvenserna förmedlar den korrekta ribosomsammansättningen och translationsinitiering.
- De är integrerade aspekter av proteinreglering och övergripande cellulär hälsa.
Vad är skillnaden mellan Shine Dalgarno och Kozak Sequence?
Shine Dalgarno-sekvensen är ett ribosom alt bindningsställe som finns i bakteriellt och arke alt budbärar-RNA, medan Kozak-sekvensen är ett initieringsställe för proteinöversättning som finns i de flesta eukaryotiska budbärar-RNA. Så detta är nyckelskillnaden mellan Shine Dalgarno och Kozak-sekvensen. Dessutom är Shine Dalgarno-sekvensen 5'AGGAGGU3' medan Kozak-sekvensen är 5' (gcc) gccRccAUGG-3'.
Följande infografik listar skillnaderna mellan Shine Dalgarno och Kozak-sekvensen i tabellform för jämförelse sida vid sida.
Sammanfattning – Shine Dalgarno vs Kozak Sequence
Shine Dalgarno- och Kozak-sekvenser är två konsensus-RNA-sekvenser som är mycket viktiga för ribosommontering och translationsinitiering. Shine Dalgarno-sekvensen är ett ribosom alt bindningsställe i bakteriellt och arke alt budbärar-RNA, medan Kozak-sekvensen är ett initieringsställe för proteintranslation i de flesta eukaryotiska budbärar-RNA. Detta sammanfattar alltså skillnaden mellan Shine Dalgarno och Kozak-sekvensen.
