Nyckelskillnaden mellan polysomprofilering och ribosomprofilering är att polysomprofilering analyserar ribosomens beteende med både ribosom och mRNA (polysom) under translation, medan ribosomprofilering analyserar ribosomens beteende endast med hjälp av mRNA-sekvensen under translation.
Translation är den andra fasen av proteinsyntesen som omvandlar informationen i mRNA till en aminosyrasekvens. Translatomics är en studie av ORF (öppna läsramar) som aktivt översätts i en cell i en organism. Polysom- och ribosomprofileringstekniker är två typer av tekniker inom området molekylärbiologi för att bedöma och härleda olika parametrar i samband med analys av translatomen.
Vad är polysomprofilering?
Polysomprofilering är en teknik som härleder status för translation av ett specifikt mRNA genom att analysera beteendet hos både ribosom och mRNA (polysom). Med andra ord ger denna teknik data och slutsatser om associeringen av mRNA med ribosomer. Polysomen hänvisar till gruppen av ribosomer bundna till ett mRNA som är närvarande under förlängningsfasen av translation.
Figur 01: Polysomprofilering
Polysomprofilering kräver cellysat, som sedan centrifugeras. Det centrifugerade provet separeras sedan baserat på deras densiteter för att karakterisera de små och stora subenheterna av ribosomerna och motsvarande mRNA som är involverat i bildandet av polysomen. Dessutom involverar processen även mätning av optisk densitet. Experter krävs för att utföra polysomprofilering.
Polysom profileringsteknik är ett viktigt verktyg för många applikationer. Forskare använder denna teknik för att studera graden av translation i celler. Mer specifikt är det ett verktyg för att ge korrekt information om studiet av enskilda proteiner och deras specifika mRNA. I samband med att studera graden av translation av ett visst mRNA är polysomprofileringstekniken avgörande. Här kan 3'- och 5'-sekvenserna för ett mRNA undersökas med hänvisning till deras effekter på mängden producerat mRNA och translationsnivån.
Vad är Ribosome Profiling?
Ribosomprofilering är en teknik som analyserar ribosomens beteende med avseende på dess mRNA under translation. Denna teknik hittades och utvecklades av Joan Steitz och Marilyn Kozak. Senare utvecklades denna teknologi ytterligare av två forskare, Nicholas och Jonathan, i kombination med nästa generations sekvensering, vilket ledde till utvecklingen av olika relaterade tekniker såsom Translating Ribosome Affinity Purification (TRAP) metodologi.
Figur 02: Ribosomsekvensering
Proceduren för ribosomprofilering involverar isolering av mRNA, avlägsnande av RNA som inte är bundet till ribosomer och separering av mRNA bundet till ribosomer. Efter denna procedur transkriberas mRNA-isolatet omvänt och cDNA-syntes äger rum. Slutligen kan sekvensdata anpassas till translationsprofilen för att härleda egenskaperna hos ribosomens beteende med avseende på mRNA:t.
Ribosomprofilering hjälper många forskare att identifiera och härleda platsen för startplatser för translation, komplementet av översatta öppna läsramar (ORF) i en cell eller en vävnad, fördelningen av ribosomer på mRNA och hastigheten på översätta ribosomer. Ribosomprofilering är också känd som ribosomfootprinting eller Ribo Seq.
Vilka är likheterna mellan polysomprofilering och ribosomprofilering?
- Polysom- och ribosomprofilering är molekylärbiologiska tekniker som är viktiga i forskning.
- De tillhandahåller information om översättningsprocessen.
- Båda profileringsprocesserna tillhandahåller data genom analys av översättningen.
- Professionella experter behövs för att utföra båda teknikerna för korrekta resultat.
- Bioinformatikverktyg spelar en viktig roll i båda teknikerna.
Vad är skillnaden mellan polysomprofilering och ribosomprofilering?
Polysomprofilering analyserar ribosombeteendet med både ribosom och mRNA (polysom) under translation, medan ribosomprofilering analyserar ribosombeteendet endast med hjälp av mRNA-sekvensen under translation. Således är detta nyckelskillnaden mellan polysomprofilering och ribosomprofilering. Dessutom involverar polysomprofilering tekniker som densitetsgradientcentrifugering och optiska densitetsmätningar, medan ribosomprofilering involverar mRNA-extraktion och sekvenseringstekniker. Ribosomprofilering är också mer exakt än polysomprofilering.
Infografiken nedan visar skillnaderna mellan polysom- och ribosomprofilering i tabellform för jämförelse sida vid sida.
Sammanfattning – Polysomprofilering vs Ribosomprofilering
Translation är den andra fasen av proteinsyntesen som innebär att informationen om mRNA-sekvensen omvandlas till en aminosyrasekvens. Denna process kräver en mRNA-mall, ribosomer, aminosyror, tRNA och andra faktorer. Polysom- och ribosomprofilering är två molekylära tekniker. Polysomprofilering analyserar ribosombeteendet med både ribosom och mRNA (polysom) under translation, medan ribosomprofilering analyserar ribosombeteendet endast med hjälp av mRNA-sekvensen under translation. Polysomprofilering involverar tekniker som densitetsgradientcentrifugering och optiska densitetsmätningar. Ribosomprofilering involverar tekniker som mRNA-extraktion, cDNA-syntes och sekvensering. Så detta sammanfattar skillnaden mellan polysomprofilering och ribosomprofilering.
