Den viktigaste skillnaden mellan MLVA och MLST är att MLVA använder polymorfismen av tandem upprepade DNA-sekvenser för att karakterisera mikrobiella arter, medan MLST använder polymorfismen av DNA-sekvenser av interna fragment av flera hushållningsgener för att karakterisera mikrobiella arter.
Mikrobiell typning används norm alt för att fastställa källan och infektionsvägarna. Det bekräftar eller utesluter utbrott. Mikrobiell typning spårar också korsöverföring av vårdrelaterade patogener och känner igen virulenta stammar. Dessutom utvärderar mikrobiell typning effektiviteten av kontrollåtgärder för patogena mikrobiella arter. MLVA och MLST är två molekylärbiologiska tekniker som används vid mikrobiell typning.
Vad är MLVA?
Multiple loci VNTR-analys (MLVA) är en molekylärbiologisk metod som använder polymorfismen av tandem upprepade DNA-sekvenser för att karakterisera mikrobiella arter. Det är en metod som används för genetisk analys av särskilda mikrobiella arter.
Under det första steget av MLVA amplifieras varje riktat VNTR-lokus med PCR med flankerande regionspecifika primrar. Sedan storlekssepareras de erhållna fragmenten genom elektrofores på en kapillärsekvenserare. Genotypningen av varje lokus och resultat sammanställda från varje prov gör det möjligt att karakterisera en mikroorganism vars art är känd. Det gör det också möjligt att identifiera underarten genom alleltypning och jämförelse med MLVA-databaserna.
Figur 01: MLVA
Denna MLVA-metod är mer selektiv än MLST-metoden. Dessutom kräver MLVA-metoden inget DNA-sekvenseringssteg. Därmed gör det möjligt att särskilja nära underarter eller klonala arter.
Vad är MLST?
Multilocus-sekvenstypning (MLST) är en teknik som använder polymorfismen av DNA-sekvenser av interna fragment av flera hushållningsgener för att karakterisera mikrobiella arter. MLST är en teknik inom genetisk analys för typning av multipla loci.
Figur 02: MLST
Det är en typ av sekvenstypning som används som referensteknik för att särskilja olika stammar av mikrobiella arter. Denna metod är baserad på hushållningsgeners sekvensering. Hushållningsgenerna kodar norm alt för essentiella proteiner från mikrobiella ämnen som en bakterie. Dessa sekvenser av hushållningsgener har den speciella egenskapen att de uppvisar en stabil polymorfism över tid. Därför är skillnaderna i sekvenser av hushållningsgener tillräckliga för att skilja stammar från varandra. Dessutom var det första MLST-schemat som utvecklades Neisseria meningitidis, det orsakande medlet för meningokock meningit och septikemi. Sedan introduktionen har MLST använts inte bara för mänskliga patogener utan också för växtpatogener.
Vilka är likheterna mellan MLVA och MLST?
- MLVA och MLST är två molekylärbiologiska tekniker som används vid mikrobiell typning.
- Båda teknikerna kan användas för mikrobiell fylogenetisk analys.
- Båda teknikerna är baserade på genetisk polymorfism.
- De kan användas för att upptäcka mänskliga sjukdomar som orsakar mikrobiella patogener.
- Båda teknikerna bör utföras av skickliga molekylärbiologer.
Vad är skillnaden mellan MLVA och MLST?
MLVA är en teknik som använder polymorfismen av tandem upprepade DNA-sekvenser för att karakterisera mikrobiella arter. Samtidigt är MLST en teknik som använder polymorfismen av DNA-sekvenser av interna fragment av flera hushållningsgener för att karakterisera mikrobiella arter. Detta är alltså den viktigaste skillnaden mellan MLVA och MLST. Dessutom är MLVA-metoden mer selektiv än MLST-metoden.
Infografiken nedan visar skillnaderna mellan MLVA och MLST i tabellform för jämförelse sida vid sida.
Sammanfattning – MLVA vs MLST
MLVA och MLST är två molekylärbiologiska tekniker som används vid mikrobiell typning. MLVA använder polymorfismen av tandem upprepade DNA-sekvenser för att karakterisera mikrobiella arter, medan MLST använder polymorfismen av DNA-sekvenser av interna fragment av flera hushållningsgener för att karakterisera mikrobiella arter. Så detta är den viktigaste skillnaden mellan MLVA och MLST.
