nyckelskillnad – Benzonase vs DNase
Nedbrytning av nukleinsyror är viktigt för många molekylärbiologiska tekniker. Det används ofta inom rekombinant DNA-teknik för att bli av med oönskade fragment av DNA och RNA. Nukleinsyranedbrytande enzymer kallas nukleaser, och de kan vara av olika typer baserat på den funktion som krävs. Nukleaser som bryter ned DNA är kända som DNaser medan de som bryter ned RNA är kända RNaser. Dessa enzymer används mest i in vitro-experiment där in vitro molekylära tester utförs för att isolera rent DNA, RNA eller proteiner. Bensonaser är en typ av nukleaser som bryter ned både DNA och RNA medan DNaser bara bryter ned DNA. Detta är den viktigaste skillnaden mellan Benzonase och DNase.
Vad är Benzonase?
Benzonas är ett genetiskt modifierat endonukleas från Serratia marcescens. Detta enzym produceras i E. coli-värdar i industriell skala. Benzonas kan klyva dubbelsträngat DNA, linjärt DNA, cirkulärt DNA och enkelsträngat RNA. Benzonas är således kommersiellt viktigt. Benzonasenzym är en proteindimer som har 245 identiska aminosyror, ~30 kDa subenheter med två essentiella disulfidbindningar. Benzonas klyver nukleinsyror vid sin 5'-ände och resulterar i fragment med fria 5'-ändar. Benzonas kan klyva nukleinsyror i vilken sekvens som helst men föredrar GC-rika regioner.
Benzonas lagras vid -20 0C. Det optimala pH-värdet för enzymaktivitet visar sig vara 8,0 – 9,2. Tillämpningarna av Benzonase inkluderar provberedning för protein 2D-gelelektrofores där Benzonase tar bort bundna nukleinsyror och avlägsnande av nukleinsyraföroreningar från rekombinanta proteinberedningar. Det används också för att minska viskositeten hos proteinextrakt och förhindra att celler klumpar sig i en cellblandning.
Vad är DNase?
DNas är ett nukleas, hydrolytiskt enzym som endast kan klyva dubbelsträngat DNA. Det finns två huvudtyper av DNaser: DNas I och DNase II. DNas I deltar i att klyva dubbelsträngat DNA för att producera polynukleotider med 5' fria ändar. DNas II är involverad i klyvning av dubbelsträngat DNA för att producera polynukleotidsträngar med 3' fria ändar eller överhäng.
DNase I
DNase I fungerar vid ett optim alt pH mellan 7,0 – 8,0. Enzymaktiviteten beror på många joniska kofaktorer som inkluderar Ca2+, Mg2+ eller Mn2+Aktiviteten hos Mg2+ och Mn2+ avgör funktionen för DNas I. I närvaro av Mg 2+, DNas I klyver varje sträng av dsDNA oberoende. Detta sker på ett slumpmässigt sätt. I motsats härtill, i närvaro av Mn2+, , klyver enzymet båda DNA-strängarna på ungefär samma ställe. Denna klyvning kommer att resultera i produktion av två typer av DNA-fragment; en typ med trubbiga ändar och en annan typ med en eller två nukleotidöverhäng.
Figur 02: DNase
DNase II
DNase II fungerar vid ett optim alt pH på 4,5-5,0 och tvåvärda metalljoner krävs för dess aktivitet, liknande DNase I. Mekanismen för DNase II är känd för att bestå av tre huvudsteg.
- Flera enkelsträngsbrott induceras i DNA-ryggraden.
- Syralösliga nukleotider och oligonukleotider produceras.
- Icke-linjär hyperkrom förskjutning inträffar i den sista fasen.
De huvudsakliga hämmarna av DNas-enzym inkluderar metallkelatorer, övergångsmetaller och kemikalier som natriumdodecylsulfat och β – merkaptoetanol.
De huvudsakliga tillämpningarna för DNase inkluderar framställning av DNA-fria RNA-extrakt och proteinextrakt, och avlägsnande av mall-DNA under in vitro-transkriptionsexperiment.
Vilka är likheterna mellan Benzonase och DNase?
- Båda är hydrolytiska enzymer.
- Båda är nukleaser.
- Båda deltar genom att klyva fosfodiesterbindningarna i nukleinsyror.
- Båda kräver ett optim alt pH och lagringstemperaturer för att bibehålla enzymets aktivitet.
- Hämmare av enzymer inkluderar kelatbildande medel, övergångsmetaller och rengöringsmedelskemikalier.
- Applikationer är främst inriktade på att erhålla extrakt av hög renhet av DNA, RNA och proteiner.
- Båda enzymerna kan produceras via genteknik.
Vad är skillnaden mellan Benzonase och DNase?
Benzonase vs DNase |
|
| Bensonas är ett enzym som kan klyva dubbelsträngat DNA, linjärt DNA, cirkulärt DNA och RNA. | DNas är ett enzym som kan klyva dubbelsträngat DNA. |
| Substrate for the Enzyme | |
| Både DNA och RNA är substrat för bensonas. | DNA är substratet för DNase. |
| Structure | |
| Optim alt pH-intervall för Benzonase är 7,0 -8,0 | Optimala pH-intervall för DNas I är 7,0 – 8,0 och DNas II är 4,5 – 5,0. |
Sammanfattning – Benzonase vs DNase
Nukleasenzymer används i stor utsträckning i olika experimentella procedurer med avseende på molekylärbiologi och genteknik. Benzonas och DNase är två typer av nukleaser. Benzonas är involverat i att bryta ned både DNA och RNA medan DNas är involverat i att klyva dubbelsträngat DNA. Detta är den grundläggande skillnaden mellan bensonas och DNas. För närvarande produceras båda dessa nukleastyper genom rekombinant DNA-teknologi som ger enzymer av högre kvalitet som är optimerade för maximal produktion.
Ladda ner PDF-version av Benzonase vs DNase
Du kan ladda ner PDF-versionen av den här artikeln och använda den för offlineändamål enligt citat. Ladda ner PDF-versionen här Skillnaden mellan Benzonase och DNase
