Nyckelskillnaden mellan primer och promotor är att primer är en kommersiellt syntetiserad kort DNA-sekvens som används i PCR för amplifiering av en mål-DNA-sekvens medan promotor är en specifik DNA-sekvens som ger ett säkert initi alt bindningsställe för RNA polymeras och transkriptionsfaktorer för att initiera transkription.
Primer och promotor är två typer av DNA-sekvenser. Primer är ett litet fragment av DNA som behövs för polymeraskedjereaktion (PCR). Den har korta nukleotidsekvenser som är komplementära till den flankerande änden av DNA-strängen. Det finns två typer av primers, och de fungerar som utgångspunkter för syntesen av nya DNA-strängar. Däremot är en promotor en specifik DNA-sekvens belägen uppströms till transkriptionsinitieringsstället för en gen. Det interagerar direkt med transkriptionsmekanismens komponenter såsom RNA-polymeras och transkriptionsfaktorer för att kontrollera DNA-transkription. Därför binder RNA-polymeras och andra transkriptionsfaktorer till promotorsekvensen och initierar transkription.
Vad är en Primer?
Primers är korta DNA-sekvenser designade för amplifiering av mål-DNA-sekvenser. Strukturellt har de korta nukleotidsekvenser som är komplementära till de flankerande ändarna av DNA-dubbelsträngarna. De är vanligtvis runt 20 nukleotider långa. Under PCR katalyserar Taq-polymeras tillsatsen av nukleotider till den redan existerande nukleotidsekvensen. Därför tjänar primers som utgångspunkter för syntesen av nya strängar. Taq polymeras fungerar endast i 5' till 3' riktning. Därför sker DNA-syntes också i samma 5' till 3' riktning. Eftersom DNA är dubbelsträngat behövs två typer av primrar i PCR. De är kända som den framåtriktade primern och den omvända primern, baserat på riktningen för primerns förlängning under DNA-syntesen.
Figur 01: Primers
Forward primer hybridiserar med antisens-DNA-sträng och initierar syntesen av +-strängen av genen i 5' till 3'-riktning. Den har en kort nukleotidsekvens som är komplementär till den 3' flankerande änden av antisenssträngen. Omvänd primer hybridiserar med sense-strängen och initierar syntesen av en komplementär sträng av den kodande strängen, vilket är - en sträng av genen i 5'till 3'-riktning. Således är omvänd primer utformad komplementär till 3'-änden av den kodande strängen. Både omvända och framåtriktade primrar är viktiga för produktionen av miljoner till miljarder kopior av särskilda DNA-regioner som är riktade eller intresserade.
Vad är en Promoter?
Promotorn är en DNA-sekvens belägen uppströms eller vid 5′-änden av transkriptionsinitieringsstället för en gen. Det tillhandahåller ett bindningsställe för RNA-polymeras och vissa regulatoriska element för att initiera transkriptionen av genen. Det är en reglerande sekvens som behövs för att slå på eller av en gen. Det finns en specifik nukleotidsekvens i promotorn. Den kan ha 100–1000 baspar. Promotor visar transkriptionsriktningen. Dessutom indikerar det den sinnessträng som ska transkriberas.
Figur 02: Promotor för en gen
Det finns tre typer av promotorelement som kärnpromotor, proximal promotor och distal promotor. Kärnpromotorn är den minimala delen av promotorn som krävs för att initiera transkription. Det är beläget mest proxim alt till startkodonet. TATA-box är en konserverad region som finns i många eukaryota kärnpromotorer. Det finns 25 till 35 baspar uppströms om transkriptionsstartstället. Den proximala promotorn återfinns mer uppströms om kärnpromotorn. I allmänhet är det lokaliserat 250 baspar uppströms om startkodonet och innehåller primära regulatoriska element. Den distala promotorn finns uppströms om den proximala promotorn och den innehåller ytterligare regulatoriska element. Bakteriepromotorer har två korta sekvenselement i sina promotorer. TATAAT är konsensussekvensen lokaliserad vid -10 av bakteriepromotorn medan TTGACA är konsensussekvensen vid -35. De kallas -10 element och -35 element.
Vilka är likheterna mellan Primer och Promoter?
- Primer och promotor är två typer av DNA-sekvenser.
- De består av nukleotidsekvenser.
- Både primer och promotor är viktiga för genuttryck.
Vad är skillnaden mellan Primer och Promoter?
Primer är en kort nukleotidsekvens utformad för amplifiering av mål-DNA. Däremot är promotorn en specifik regulatorisk DNA-sekvens som finns uppströms till transkriptionsinitieringsstället för en gen. Så detta är nyckelskillnaden mellan primer och promotor. Primers är cirka 20 baspar långa medan promotorn kan ha 100-1000 baspar. Funktionellt tjänas primrar som startsekvenser för den nya strängsyntesen medan promotorer kontrollerar gentranskription genom att tillhandahålla bindningsställen för RNA-polymeras och andra transkriptionsfaktorer.
Dessutom definieras en promotor som riktningen för transkriptionen och indikerar senssträngen för en gen. Strukturellt sett är primer en kort, enkelsträngad DNA-sekvens medan promotor är en lång dubbelsträngad DNA-sekvens.
Infografiken nedan visar fler jämförelser relaterade till skillnaden mellan primer och promotor.
Sammanfattning – Primer vs Promoter
Primers är korta nukleotidsekvenser som är komplementära till de flankerande ändarna av mål-DNA-dubbelsträngen. Två typer av primrar används i PCR. De fungerar som startsekvenser för syntesen av nya strängar. Primers är kommersiellt utformade och de är temperaturstabila sekvenser. Å andra sidan är promotorn en regulatorisk sekvens av en gen belägen uppströms om transkriptionsinitieringsstället. Promotorer kontrollerar transkriptionen av gener. De tillhandahåller bindningsställen för RNA-polymeras och transkriptionsfaktorer för att initiera transkription. Detta är alltså sammanfattningen av skillnaden mellan primer och promotor.
