Nyckelskillnaden mellan dNTP och ddNTP är att dNTP eller deoxiribonukleotider är byggstenarna i DNA och har en 3ʹ-OH-grupp på pentossockerstrukturen medan ddNTP eller dideoxinukleosidtrifosfater är nukleotider som saknar 3ʹ-OH-grupp och de används i Sanger dideoxy DNA-sekvenseringsteknik för att producera olika långa DNA-sekvenser.
dNTP och ddNTP är nukleotider. dNTP hänvisar till deoxiribosnukleotider. De är byggstenarna i DNA. dNTP används för att syntetisera DNA. dNTP, å andra sidan, hänvisar till dideoxinukleosidtrifosfater. De används i Sanger-sekvensering för att avsluta DNA-syntes vid olika längder. De saknar OH-grupp vid 3'-position. Ett väte är närvarande i positionen 3' istället för OH-gruppen. Därför kan ddNTP: er inte bilda en fosfodiesterbindning med nästa nukleotid. dNTP är kapabelt att utföra syntesen av DNA, medan ddNTP kan avsluta polymerisationen av DNA.
Vad är dNTP?
dNTP står för deoxiribosnukleotid eller deoxiribonukleotid. Det är byggstenen i DNA. Det finns fyra typer av dNTP:er. De är dATP, dTTP, dCTP och dGTP. De är namngivna enligt kväveh altiga baser av purin eller pyrimidin: Adenin (A), Guanin (G), Tymin (T) och Cytosin (C).
Figur 01: dNTP
Adenin och guanin är purinbaser medan tymin och cytosin är pyrimidinbaser. Pentosockret i dNTP är deoxiribos. Det finns också en fosfatgrupp. Därför består dNTP av tre komponenter: en kvävebas, deoxiribossocker och en fosfatgrupp. Dessa dNTP:er kombineras med varandra via fosfodiesterbindningar. I dNTP finns det en OH-grupp bunden till position 3' av pentossocker som krävs för att bilda en länk med fosfatgruppen bunden till 5'-kolet i sockret i nästa nukleotid. Eftersom alla dNTP har denna 3'-OH-grupp kan de syntetisera och förlänga DNA-strängar. Därför fungerar dNTP som den grundläggande repeterande enheten för DNA och kemisk materia i gener. Syntesen av DNA fortsätter alltid från 5ʹ till 3ʹ.
Vad är DdNTP?
Sanger-sekvensering är en första generationens DNA-sekvenseringsmetod utvecklad av Frederick Sanger och hans högskolor 1977. Den är också känd som Chain Termination Sequencing eller Dideoxy-sekvensering eftersom den grundläggande principen för denna metod är kedjeterminering med dideoxinukleosidtrifosfater (ddNTPs). ddNTPs är nukleotider som används i Sanger-sekvensering. Sanger-sekvensering är baserad på den selektiva inkorporeringen av ddNTPs och avbrytande av DNA-syntesen under in vitro DNA-replikationen. Specialiteten hos ddNTP:erna är att de saknar 3'-OH-gruppen på pentossockret för att fortsätta fosfodiesterbindningsbildningen mellan fosfatgruppen på 5' i intilliggande nukleotid. Så snart en ddNTP är fäst till den utsträckande strängen, upphör kedjeförlängningen och slutar från den punkten. ddNTPs fungerar som kedjeförlängande hämmare av DNA-polymeras under Sanger-sekvenseringsmetoden.
Figur 02: ddNTP
Det finns fyra ddNTP: ddATP, ddCTP, ddGTP och ddTTP som används i Sanger-sekvensering. Dessa nukleotider stoppar DNA-replikationsprocessen när de införlivas i den växande DNA-strängen. Som ett resultat producerar Sanger-sekvensering varierande längder av kort DNA. Kapillär gelelektrofores används för att organisera dessa korta DNA-strängar efter deras storlekar på en gel. ddNTP är radioaktivt eller fluorescerande märkta med olika färger för att underlätta analysen av DNA-sekvensen. Genom att analysera gelén kan nukleotidsekvensen för den okända DNA-strängen bestämmas.
Vilka är likheterna mellan dNTP och DdNTP?
- Både dNTP och ddNTP används i Sanger-sekvensering.
- Det finns fyra typer av dNTP och ddNTP.
- De är sammansatta av tre komponenter: en kvävebas, deoxiribossocker och fosfatgrupper.
Vad är skillnaden mellan dNTP och DdNTP?
dNTP är en av de fyra typerna av deoxiribonukleotider som är byggstenar i DNA. ddNTP är en av de fyra typerna av dideoxiribonukleosidtrifosfater som används i Sangers sekvenseringsteknik. dNTP har en 3ʹ-OH-grupp på pentossockret medan ddNTP saknar 3ʹ-OH-grupp på pentossockret. Detta är alltså den viktigaste skillnaden mellan dNTP och ddNTP. Dessutom utför dNTP:er DNA-polymerisation medan ddNTP:er avslutar DNA-polymerisation. Därför är detta ytterligare en stor skillnad mellan dNTP och ddNTP.
Infografiken nedan listar skillnaderna mellan dNTP och ddNTP i tabellform.
Sammanfattning – dNTP vs DdNTP
Normala dNTP är byggstenar i DNA medan ddNTP är nukleotider som används i Sangers sekvenseringsteknik. dNTP har 3ʹ-OH medan ddNTP saknar 3ʹ-OH. Detta är alltså den viktigaste skillnaden mellan dNTP och ddNTP. Dessutom kan dNTP syntetisera en DNA-sträng medan ddNTP kan avsluta DNA-polymerisationen. Därför används ddNTPs i Sanger-sekvensering för att producera olika DNA-strängar med olika längder. Under Sanger-sekvenseringen ingår både dNTP och ddNTP.
