Den viktigaste skillnaden mellan BLAST och FastA är att BLAST är ett grundläggande anpassningsverktyg som finns tillgängligt på National Center for Biotechnology Informations webbplats medan FastA är ett likhetssökverktyg som finns tillgängligt på European Bioinformatics Institutes webbplats.
BLAST och FastA är två programvaror som används flitigt för att jämföra biologiska sekvenser av DNA, aminosyror, proteiner och nukleotider från olika arter och leta efter deras likheter. Dessa algoritmer skrevs med hastighet i åtanke. För när forskare kunde isolera DNA i laboratoriet i mitten av 1980-talet väckte det ett behov av att jämföra och hitta identiska gener för vidare forskning i hög hastighet. Därför har dessa två mjukvaror utvecklats på ett sätt så att användaren kan göra en snabb sökning av liknande sekvenser som deras frågesekvenser.
BLAST är en akronym för Basic Local Alignment Search Tool och använder den lokaliserade metoden för att jämföra de två sekvenserna. FastA är en mjukvara som refererar till Fast A där A står för Alla. Här fungerar mjukvaran med alfabet som Fast A för DNA-sekvensering och Fast P för protein. Både BLAST och FastA är mycket snabba när det gäller att jämföra någon genomdatabas och är därför mycket lönsamma både ekonomiskt och när det gäller att spara tid.
Vad är BLAST?
BLAST är en av de mest använda bioinformatikprogramvaran som utvecklades 1990. Sedan dess är den tillgänglig för alla på NCBI-webbplatsen. Dessutom kan vilken person som helst komma åt denna programvara och använda den. Dessutom är BLAST en programvara som behöver indata eller sekvenser i FastA-format. Men det ger utdata i vanlig text, HTML eller XML-format. BLAST arbetar enligt principen att söka efter lokaliserade likheter mellan två sekvenser och kort lista liknande sekvenser, och efter det söker den efter grannskapslikheter.
Figur 01: BLAST-resultat
Den här programvaran söker alltså efter ett stort antal liknande lokala regioner och ger resultatet när ett tröskelvärde nås. Denna process skiljer sig dock från den tidigare programvaran, som först söker igenom hela sekvensen och sedan gör jämförelsen, och det tog därför mycket tid.
Förutom ovanstående likhetskontroll har BLAST många andra användningsområden såsom DNA-kartläggning, jämförelse av två identiska gener i olika arter, skapande av ett fylogenetiskt träd, etc.
Vad är FastA?
FastA är ett program för justering av proteinsekvenser. David J. Lipman och William R. Pearson beskrev denna programvara 1985. Även om den initiala användningen av denna programvara endast var att jämföra proteinsekvenserna, kunde den modifierade versionen av den också jämföra DNA-sekvenser. Här använder denna programvara principen att statistiskt hitta likheten mellan två sekvenser. Den matchar en sekvens av DNA:t eller proteinet med en annan sekvens genom lokal sekvensjusteringsmetod.
Figur 02: FastA
Däremot söker den efter lokala regioner för likhet, men inte den bästa matchningen mellan två sekvenser. Eftersom den här programvaran ibland jämför lokaliserade likheter, kan den också komma med missmatchningar. I en sekvens tar FastA en liten del känd som k-tupler, där tuplarna kan vara från 1 till 6 och matchar med k-tuplarna i den andra sekvensen. I slutet av matchningsprocessen, när den når ett tröskelvärde, producerar den resultatet.
Vilka är likheterna mellan BLAST och FastA?
- BLAST och FastA är bioinformatiska verktyg som används för att jämföra protein- och DNA-sekvenser för att hitta likheter.
- Båda programmen använder dessutom en poängstrategi för att göra jämförelser mellan sekvenserna.
- Dessutom ger båda verktygen mycket exakta resultat.
Vad är skillnaden mellan BLAST och FastA?
BLAST är ett verktyg för att kontrollera likheten mellan biologiska sekvenser. Å andra sidan är FastA ett annat program som underlättar likhetskontrollen av protein- och DNA-sekvenser. Men i jämförelse med FastA är BLAST-mjukvaran väldigt populär eftersom den ger mer exakta och snabbare resultat. Därför är detta skillnaden mellan BLAST och FastA. Dessutom, till skillnad från FastA, är BLAST-programmet modifierbart enligt användarens behov. Därför är detta ytterligare en skillnad mellan BLAST och FastA.
Infografiken nedan om skillnaden mellan BLAST och FastA ger mer information.
Sammanfattning – BLAST vs FastA
BLAST och FastA är två program som låter användaren jämföra sin frågesekvens med sekvenserna i de befintliga databaserna och kontrollera likheterna. Det ursprungliga syftet med FastA var att endast jämföra proteinsekvenser. Men den modifierade versionen av denna programvara underlättar både protein- och DNA-sekvensjämförelser. FastA är en bra programvara, men de flesta använder BLAST-justeringsverktyget eftersom det är mer populärt och ger mer exakta och snabba resultat än FastA. Dessutom kan BLAST-verktyget modifieras enligt användarens krav. I korthet sammanfattar detta skillnaden mellan BLAST och FastA.
