Nyckelskillnaden mellan hierarkisk och helgenom hagelgevärssekvensering är att i hierarkisk hagelgevärssekvensering bryts genomet i större fragment före sekvensering medan, i hela genomet hagelgevärssekvensering, hela genomet bryts upp i små fragment för sekvensering.
Sekvensering är en viktig teknik i molekylära processer, särskilt för noggrann identifiering av arter. I själva verket är det tekniken för att identifiera den exakta ordningen av nukleotider i en gen eller ett genom. Det finns många tekniker för sekvensering. Några av dessa inkluderar Maxam Gilbert-metoden, Sanger-metoden och den automatiserade Sanger-metoden.
Vad är hierarkisk hagelgevärssekvensering?
Hierarkisk hagelgevärssekvensering är en metod för sekvensering. Det kallas också "top-down sekvensering". Vidare består denna metod av två steg: det första steget är genomamplifiering och det andra steget är genomfragmentering. I denna metod klipps genomet först i stora fragment. Det följs av kloning av dessa stora fragment i olika värdar med hjälp av vektorer eller konstgjorda kromosomer. Sedan arrangeras dessa rekombinanta vektorer i ett bibliotek. Under hagelgevärssekvenseringen genomgår de rekombinanta vektorklonerna sekvensering individuellt. Fragmenten i klonerna genomgår restriktionsklyvning för att ytterligare minska storleken på genomet och genomgår därigenom sekvensering.
Figur 01: Hierarkisk hagelgevärsekvens
Under hierarkisk hagelgevärssekvensering måste de stora bitarna av fragment ordnas i ordning, innan hagelgevärssekvenseringen. Det sker med hjälp av de molekylära markörerna som inkorporeras under kloningsprocessen.
Hierarkisk hagelgevärssekvensering skapar en lågupplöst genkarta. Men det skapar en ordnad sekvenskarta. Det tar alltså längre tid än direkt sekvensering. Hela processen fördröjer på grund av skapandet av ett rekombinant vektorbibliotek. Är det också en arbetskrävande teknik. Men för närvarande är tekniken automatiserad för att underlätta arbetet.
Vad är Whole Genome Shotgun Sequencing?
Helgenomets hagelgevärssekvensering är en sekvenseringsprocess i ett steg. I denna process sker hela genomklippningen först. Efter detta genomgår vart och ett av dessa små fragment sekvensering slumpmässigt. Efter avslutad sekvensering sker sekvensanalysen. Under sekvensanalys tas de överlappande sekvenserna bort och analysen är inte en ordnad process. Därför är sammansättningen av sekvenser en mindre effektiv process i jämförelse med hierarkisk hagelgevärssekvensering. Processen med hagelgevärssekvensering av hela genomet är dock snabbare, och analysen av hela genomet kan ske vid ett enda tillfälle.
Vilka är likheterna mellan hierarkisk och helgenoms hagelgevärssekvensering?
- Hierarkisk och hela genomet hagelgevärssekvensering är två sekvenseringsmetoder.
- Båda genomgår Sanger-sekvensering eller automatiserade Sanger-sekvenseringsmetoder.
- De är involverade i sekvensering av DNA- och RNA-fragment.
- Dessutom är båda metoderna viktiga i molekylär diagnostik och forskningsändamål.
- För närvarande är båda teknikerna automatiserade eller datorbaserade.
- Båda teknikerna är beroende av fragmenteringen av genomet.
Vad är skillnaden mellan hierarkisk och helgenom-hagelgevärssekvensering?
Hierarkisk hagelgevärssekvensering genererar större fragment jämfört med helgenoms hagelgevärssekvensering, som fungerar med små fragment av sekvenser. Så detta är nyckelskillnaden mellan hierarkisk och hela genomet hagelgevärssekvensering. Dessutom består den hierarkiska hagelgevärssekvenseringen av två huvudsteg, medan hagelgevärssekvenseringen av hela genomet bygger på ett stort steg.
Dessutom är en annan skillnad mellan hierarkisk och helgenoms hagelgevärssekvensering att upplösningen är högre i helgenoms hagelgevärssekvensering jämfört med hierarkisk hagelgevärssekvensering.
Infografiken nedan sammanfattar skillnaden mellan hierarkisk och helgenoms hagelgevärssekvensering.
Sammanfattning – Hierarkisk vs Whole Genome Shotgun Sequencing
Hierarkisk och helgenom hagelgevärssekvensering är två tekniker för att sekvensera stora genom. Den hierarkiska hagelgevärssekvensen är en tvåstegsprocess av sekvensering där genomet bryts upp i större fragment. Däremot är helgenomets hagelgevärssekvensering en enstegssekvensering där genomet bryts upp i små fragment och sekvenseras direkt. Således är detta nyckelskillnaden mellan hierarkisk och hela genomet hagelgevärssekvensering. Dessutom kan de tekniska aspekterna variera mellan de två teknikerna.
