Nyckelskillnaden mellan QTL och GWAS beror på typen av sekvenser som används i analysen. QTL använder länkgenloki för att analysera fenotypiska egenskaper associerade med polygent arv medan GWAS använder hela genomsekvenser för att analysera enstaka nukleotidpolymorfismer av ett visst tillstånd.
QTL-kartor och GWAS spelar en viktig roll i de genetiska analyserna för olika egenskaper. Vidare är de viktiga för att analysera olika sjukdomstillstånd med okänd etiologi. Dessutom spelar sekvensering en nyckelroll i båda teknikerna. Dessa tekniker kan vidare kombineras med andra tekniker med hög genomströmning för ökad noggrannhet och precision.
Vad är QTL?
QTL står för Quantitative Trait Locus. Det är en region av DNA som är associerad med en fenotypisk egenskap. I allmänhet ger en QTL upphov till polygena effekter. Fördelningen av QTL:er varierar, och antalet QTL:er antyder graden av variation av en viss fenotypisk egenskap. Dessutom kodar de vanligtvis för underliggande kontinuerliga egenskaper och inte diskreta egenskaper.
Vid identifieringen av QTL-regionerna är det viktigt att sekvensera ett särskilt QTL-område. Dessutom, för att göra undersökningar och forskning lätt, sker sekvensering och lagring av sekvensdata för de vanliga QTL-regionerna med involvering av bioinformatik. Vi kallar denna teknik för QTL-mappning. Därefter byggs en databas upp med QTL-regionsekvenserna.
Figur 01: QTL Scan
Dessutom bygger applikationerna av QTL-sekvenser huvudsakligen på BLAST-verktyget, där sekvenslikheten kan bestämmas. Det är viktigt för att härleda relationer mellan organismer. Dessutom är det viktigt för att bestämma komplexiteten hos en viss polygen fenotyp. Det avgör också utvecklingen av en viss egenskap.
För närvarande kombineras QTL-analys med andra tekniker med hög genomströmning som DNA-mikroarrayer. Detta är viktigt i uttrycksanalysen av fenotypen. För närvarande är forskare mycket intresserade av att utveckla QTL-databasen eftersom QTL-regioner är ansvariga för många viktiga egenskaper hos olika arter.
Vad är GWAS?
GWAS står för Genome Wide Association Study. Det hänvisar också till studier av hela genomföreningar. Dessa studier fokuserar främst på observationsstudier. Den analyserar de genetiska varianterna av olika individer som vanligtvis förknippas med en specifik egenskap. Dessutom är hela genomet viktigt för GWAS-analys.
Figur 02: GWAS
GWAS är ett viktigt verktyg i analysen av enkelnukleotidpolymorfismer associerade med olika sjukdomstillstånd. Detta är också en jämförande studie av de olika enkelnukleotidpolymorfismerna över en bred population. Dessutom är studieurvalet av GWAS mycket högt; därför har den också formatet av en tvärsnitts kohortstudie.
Dessutom ägde den första GWAS-studien rum med avseende på hjärtinfarkt och analys av gener associerade med hjärtinfarkt. För närvarande spelar GWAS en viktig roll för att bestämma den genetiska bakgrunden för komplexa sjukdomar med okänd etiologi.
Vilka är likheterna mellan QTL och GWAS?
- De förlitar sig på DNA-sekvensdata för analysen.
- Båda är förknippade med olika karaktärers genetiska bakgrund.
- Dessutom kräver de bioinformatiska verktyg för att härleda och tolka resultat.
- De görs på stora populationer.
Vad är skillnaden mellan QTL och GWAS?
QTL analyserar de fenotypiska egenskaperna associerade med polygent arv med hjälp av länkade genloci medan GWAS analyserar singelnukleotidpolymorfismer av ett visst tillstånd med hjälp av hela genomsekvenser. Detta är alltså den viktigaste skillnaden mellan QTL och GWAS. QTL-kartläggning är en jämförelsevis mindre komplex teknik än GWAS eftersom den kräver sekvensering av hela genomet.
Infografiken nedan sammanfattar skillnaden mellan QTL och GWAS i tabellform.
Sammanfattning – QTL vs GWAS
QTL-kartläggning och GWAS spelar en viktig roll för att bestämma den genetiska bakgrunden för olika fenotypiska egenskaper. De hjälper också till att analysera den genetiska bakgrunden till olika sjukdomar. QTL-kartläggning kartlägger länkgenerna som är ansvariga för kontinuerliga egenskaper och involverar också kartläggning av de polygena arvsgenerna. GWAS, å andra sidan, sker med helgenomanalys för singelnukleotidpolymorfismer. Dessutom sker detta över en större befolkning. Detta är alltså sammanfattningen av skillnaden mellan QTL och GWAS.
