Den viktigaste skillnaden mellan contig och scaffold är att en contig inte har luckor medan en scaffold består av contigs och luckor.
Genomsekvensering av flercelliga organismer är mycket svår jämfört med sekvensering av encelliga organismer. Helgenom-hagelgevärssekvensering är en enkel och snabb genomsekvenseringsteknik för flercelliga genom. Det är en metod som sekvenserar många överlappande DNA-fragment parallellt. I denna metod sätts små fragment ihop till större fragment och sedan till större fragment med hjälp av en dator. Sedan sätts kontigarna ihop till byggnadsställningar och slutligen till en kromosom. Därför är contig en kontinuerlig sträcka av nukleotidsekvenser medan byggnadsställning är en del av genomet som består av contigs och luckor. Både contig och scaffold är rekonstruerade genomiska sekvenser.
Vad är Contig?
Contig är en genomisk sekvens. Det är en kontinuerlig sträcka av sekvenser som består av A-, C-, G- och T-baser. Det bildas genom att sätta ihop flera små överlappande bitar av DNA till en längre sekvens. Med enkla ord är contig en sammansättning av en uppsättning sekvensfragment. Contig-skapandet innebär identifiering av överlappande sekvensfragment baserat på lokala strängmatchning- och anpassningsmetoder som identifierar överlappande ändar av sekvenserna.
Contigs har inga luckor. Det är en del av en ställning. Contigs kedjas ihop när man skapar en ställning. Det kräver ytterligare information om den relativa positionen och orienteringen av contigs i genomet. Mellanrummen separerar contigs i en ställning. I grund och botten är contig-montering ett viktigt steg i helgenoms hagelgevärssekvensering. Contigs sätts slutligen ihop till en komplett genomisk sekvens. Contig-sammansättning kräver vanligtvis förståelse av algoritmer för strängmatchning och sekvensanpassning.
Vad är en ställning?
En ställning är en rekonstruerad genomisk sekvens från ändsekvenserade helgenom-hagelgevärskloner. Strukturellt består en ställning av sammanhängningar och luckor. Därför skapas ställningar genom att kedja samman sammanhängande delar och separera dem med luckor. Skapandet av ställningar behöver information om den relativa positionen och orienteringen av contigs i genomet. Helgenom-hagelgevärsaggregat syftar till att representera varje genomisk sekvens i en ställning. Men, det är inte riktigt möjligt. Därför kan en kromosom representeras av flera byggnadsställningar. Ibland kan byggnadsställningar överlappa varandra. Dessutom kan vissa byggnadsställningar filtreras bort under monteringen.
Figur 02: Översikt över hela genomet hagelgevärssammansättning
Längden på en ställningsöppning visar inte dess verkliga längd. I allmänhet sätts luckor godtyckligt till vissa fasta längder. Därför skapar dessa luckor och osäkerheter i deras längder problem med att förstå de verkliga rumsliga förhållandena mellan funktionella element i genom och den faktiska omfattningen av saknad information. Ibland representerar luckor saknad genomisk information.
Vilka är likheterna mellan Contig och Scaffold?
- Contig och scaffold är genomiska sekvenser sammansatta av nukleotidsekvenser.
- Ställningar är sammansatta av kontiger och luckor.
Vad är skillnaden mellan Contig och Scaffold?
A contig är en kontinuerlig sekvens sammansatt av en uppsättning sekvensfragment. Däremot är en byggnadsställning en del av den genomiska sekvensen som rekonstrueras genom att kedja samman kontiger. Så detta är nyckelskillnaden mellan contig och ställning. Dessutom har kontiger inte luckor medan contigs i en ställning är åtskilda av luckor.
Infografiken nedan visar fler skillnader mellan contig och scaffold.
Sammanfattning – Contig vs Scaffold
Både contig och scaffold är rekonstruerade nukleotidsekvenser i helgenomsekvenseringsprojekt. Contig är en kontinuerlig sträcka av genomisk sekvens som innehåller A-, C-, G- och T-baser utan luckor. Ställningen är en genomisk sekvens som består av contigs och luckor. Därför är de kortaste monteringskomponenterna sammansättningar medan ställningarna är sammansättningar av sammansättningar. Slutligen sätts byggnadsställningarna ihop till kromosomer i hel-genomsekvensering. Detta sammanfattar alltså skillnaden mellan contig och scaffold.
