Nyckelskillnaden mellan sackarosgradient och sackaroskudde-ultracentrifugering är att vid sackarosgradientultracentrifugering används en kontinuerlig sackarosgradient, medan en diskontinuerlig sackarosgradient används vid ultracentrifugering av sackaros.
Sukrosgradient och sackaroskudde-ultracentrifugering är två liknande typer av tekniker som används för att separera specifika typer av makromolekyler. I båda teknikerna används en sackarosdensitetsgradient. Men vid ultracentrifugering med sackarosgradient används en kontinuerlig densitetsgradient medan, vid ultracentrifugering med sackaroskuddar, en diskontinuerlig densitetsgradient används.
Vad är sackarosgradientultracentrifugering?
Sukrosgradientultracentrifugering är en teknik som kan användas för att fraktionera makromolekyler som DNA, RNA och proteiner. Det finns flera steg i denna teknik. De är sackarosgradientberedning, centrifugering, separation och eluering. Gradientförberedelse är nyckelsteget i denna teknik. I denna teknik skiktas provet innehållande makromolekyler av olika storlek på ytan av en sackarosgradientkolonn. Vid centrifugering sedimenterar olika stora makromolekyler genom sackarosgradientkolonnen med olika hastigheter. Sedimentering beror på flera faktorer, inklusive centrifugeringskraften, storleksformen och densiteten hos makromolekyler, gradientens densitet och viskositet. I slutet av centrifugeringen separeras makromolekyler rumsligt av densitet. Större makromolekyler (högdensitetsmakromolekyler) sedimenterar mot botten. Lättare (lågdensitetsmakromolekyler) förblir på toppen av gradienten. Därför separeras molekylerna som olika band. Sedan bör banden separeras och reningen av den specifika makromolekylen från sackaros måste göras.
Figur 01: Ultracentrifugering av sackarosgradient
På applikationssidan används denna metod flitigt för fraktionering av DNA-molekyler. Ultracentrifugering med sackarosgradient används vanligtvis för att karakterisera proteinkomplexets storlek och sammansättning. Dessutom används denna teknik för partiell rening av mRNA.
Vad är Sucrose Cushion Ultracentrifugering?
Ultracentrifugering med sackaroskuddar är en annan teknik som möjliggör fraktionering av makromolekyler. Till skillnad från ultracentrifugering med sackarosdensitetsgradient använder sackaros-kudde-ultracentrifugering en diskontinuerlig densitetsgradient. Sackaroskoncentrationen ökar från topp till botten i diskreta steg. I denna teknik uppnås separation genom att placera det klarnade extraktet ovanpå en liten volym av en sackaroslösning i ett centrifugrör, den så kallade sackaroskudden. Detta möjliggör bättre separation vid höghastighetscentrifugering. När molekylerna separeras som ett band mellan sackaroskudden kan det vita bandet samlas upp och renas. Dessutom kan föroreningar avlägsnas ytterligare med hjälp av sackaros-kuddemetoden. Sackaros-kuddemetoden gör att 60-70 % av röret kan fyllas med provet. Följaktligen möjliggör sackaros-kuddemetoden att en större volym prov kan bearbetas.
Vilka är likheterna mellan sackarosgradient och ultracentrifugering av sackaroskudde?
- Sukrosgradient och sackaroskudde-ultracentrifugering är två tekniker som används för att separera en blandning av makromolekyler.
- I båda metoderna används en sackarosgradient.
- Centrifugering är ett steg i båda metoderna.
- Molekylerna sedimenterar som ett band eller zon i varje metod.
Vad är skillnaden mellan sukrosgradient och ultracentrifugering av sackaroskudde?
Sukrosgradientultracentrifugering är en teknik som använder en kontinuerlig sackarosgradient i centrifugröret medan sackaroskuddsultracentrifugering är en teknik som använder en diskontinuerlig sackarosgradient. Detta är alltså den viktigaste skillnaden mellan sackarosgradient och sackaroskudde-ultracentrifugering.
Dessutom tillåter ultracentrifugering av sackaroskuddar att en större volym av provet bearbetas medan ultracentrifugering med sackarosgradient tillåter att en jämförelsevis låg volym av provet bearbetas.
Infografiken nedan visar fler skillnader mellan sackarosgradient och sackaroskudde-ultracentrifugering.
Sammanfattning – Sucrose Gradient vs Sucrose Cushion Ultracentrifugering
Sackarosgradientultracentrifugering separerar makromolekyler med hjälp av en kontinuerlig sackarosgradient. Däremot använder sackaros-kudde-ultracentrifugering en diskontinuerlig sackarosgradient för att separera specifik typ av partiklar i en blandning. Så detta är nyckelskillnaden mellan sackarosgradient och sackaroskudde-ultracentrifugering. Sackaros-kuddemetoden tillåter insamling av morfologiskt intakta partiklar eftersom den inte orsakar mekanisk stress, till skillnad från sackarosgradient ultracentrifugering, som krossar molekyler till botten av röret. Dessutom tillåter sackaros-kudde-ultracentrifugering att en större volym av provet bearbetas än sackarosgradient-ultracentrifugeringen.
