Den viktigaste skillnaden mellan SF1 och SF2 är deras förmåga att varva ner nukleinsyror. Medan SF1 bara lindar upp DNA, lindar SF2 både DNA och RNA.
Helicase är ett av nyckelenzymerna som deltar i DNA-replikationsprocessen såväl som i DNA-reparationsprocesser. Helikas primära roll är att delta i avvecklingsprocessen för att underlätta separationen av dubbelsträngade DNA-molekyler. Enzymets aktivitet är väsentlig under initieringsfasen av DNA-replikation. Helikaser är uppdelade som Super Family 1 och Super Family 2 främst baserat på deras strukturella skillnader. Inom varje superfamilj finns det fler olika typer av helikaser.
Vad är SF1?
Super Family 1 helikas är en typ av helikas som består av en hexamerisk struktur vid sidan av det interna kärnproteinet, som visar helikasaktivitet. SF1-helikaser är en av de största klasserna av helikaser och kan vidare kategoriseras som SF1A-helikaser och SF1B-helikaser. Proteiner som PcrA, Rep och UvrD tillhör klassen SF1A-helikaser. I jämförelse tillhör proteiner som RecA och Dda klassen av SF1B-helikaser. Funktionerna hos SF1-helikaser varierar kraftigt. Några av de vitala funktionerna hos SF1-helikaser inkluderar DNA-replikation, DNA-rekombination, Okazaki-fragmentbearbetning, telomerbildning och nukleotidexcisionsreparation av DNA-skada. I vissa bakteriearter deltar SF1-typ av helikaser också i att hjälpa horisontell genöverföring via konjugering. Vidare, i virus, hjälper SF1-helikaser till virusreplikation.
Figur 01: Helicase Action
Det finns många olika motiv förknippade med strukturen hos SF1-helikaser. De innehåller minst 7 konserverade motiv bland alla olika typer av SF1-helikaser (Q, I, Ia, II, III, IV, V och VI). Strukturen hos SF1-helikas är en kristall, där motiven är samlade. Det finns en karakteristisk ATP-bindningsficka mellan motiven och DNA-bindningsstället. De icke-konserverade domänerna är fördelade för att upprätthålla den strukturella integriteten hos helikasmolekylen. Dessa domäner kan variera mellan SF1A-helikaser och SF1B-helikaser.
Vad är SF2?
Super family 2 helicase är en av de mest olika grupperna av helicase superfamiljer. Det finns många typer av SF2-helikaser som RecQ-liknande helikaser, RecG – som helikaser, Rad3/XPD och NS3-helikaser. Vissa restriktionsenzymer, såsom typ I restriktionsenzymer, faller också under denna kategori. Den allmänna funktionen hos SF2-helikaser är avvecklingen av dubbelsträngat DNA. Vissa typer av SF2-helikaser har dock inte förmågan att helt fungera som helikasenzymer. SF2-helikaser används också i stor utsträckning vid RNA-bearbetning. DEAD-box-familjen av SF2-helikaser deltar i RNA-bearbetning, inklusive transkription, splitsning, translationsbearbetning och sammansättning av RNA-proteinkomplex.
Figur 02: Helicase
Strukturen av SF2-helikas innehåller också bevarade motiv. Vissa domäner skiljer sig dock något från den för SF1-helikas. De innehåller också en ATP-bindande domän förutom den DNA-bindande domänen.
Vilka är likheterna mellan SF1 och SF2?
- SF1 och SF2 visar helikasaktivitet.
- Dessutom deltar båda i DNA-replikation och rekombination.
- SF1 och SF2 är sammansatta av bevarade motiv.
- Båda har en ATP-bindande domän och en DNA-bindande domän.
- Dessa former är proteiner med flera domäner.
- Dessutom, om mutationer äger rum i någon av typerna, kommer det att resultera i skadliga effekter.
- Både SF1 och SF2 är avgörande för att säkerställa kontinuiteten i cellcykeln.
- SF1 och SF2 finns i prokaryoter såväl som i eukaryoter.
Vad är skillnaden mellan SF1 och SF2?
SF1 och SF2 är två superfamiljer av helicase. De visar en stor mångfald. Den viktigaste skillnaden mellan SF1 och SF2 är att SF1 främst är involverad i avvecklingen av DNA, medan SF2 också deltar i RNA-bearbetning under transkription och translation. När man jämför de olika motiven för proteinet skiljer sig SF1 och SF2 främst utifrån motiv III och motiv IV. Även om de har en strukturell likhet bildar SF1-helikaser toroidala hexameriska strukturer medan SF2 inte bildar dessa strukturella arrangemang.
En annan skillnad mellan SF1 och SF2 är att SF1-helikaser föredrar adenin-nukleotider mer, medan SF2-helikaser föredrar alla fem nukleotiderna för avveckling. När man jämför avlindningsriktningen translokerar SF1-helikaser endast i 5' till 3'-riktningen, medan SF2-helikaser har förmågan att translokera tillsammans med nukleinsyrorna i båda riktningarna.
Infografiken nedan visar skillnaderna mellan SF1 och SF2 i tabellform för jämförelse sida vid sida.
Sammanfattning – SF1 vs SF2
Helikaser är en mycket viktig och mångsidig grupp enzymer som deltar i DNA-replikering. Men på grund av dess höga mångfald kategoriseras enzymer i superfamiljer. SF1 och SF2 är de två största superfamiljerna av helikaser. Medan SF1 främst är associerad med bearbetning relaterad till DNA, är SF2 associerad med både DNA- och RNA-bearbetning. Detta är alltså den viktigaste skillnaden mellan SF1 och SF2. Dessutom skiljer sig SF1 och SF2 också i deras strukturella arrangemang eftersom SF2 inte bildar hexameriska strukturer. Mutationer i SF1- och SF2-helikaserna kommer att leda till utveckling av cancer efter dysreglering av cellcykeln och andra vitala mekanismer som DNA-reparation.
