Key Difference – Probe vs Primer
Den molekylära sonden är ett litet DNA- eller RNA-fragment som känner igen de komplementära sekvenserna i DNA eller RNA och tillåter identifiering av målsekvensen. Primer är en liten del av DNA eller RNA som fungerar som utgångspunkt för DNA-syntes. Primers och prober hybridiserar med de komplementära nukleotiderna i mall-DNA:t eller mål-DNA:t. Den viktigaste skillnaden mellan sond och primer är dock att primrar är nödvändiga för DNA-replikation medan prober är nödvändiga för att detektera specifika sekvenser i provets DNA.
Vad är en sond?
Sond är ett litet fragment av DNA eller RNA som används för att detektera mål-DNA eller RNA i provet genom molekylär hybridisering. De är också kända som molekylära markörer. Längden på sonden kan variera (100 till 1000 baser), och prob-nukleotider är komplementära till delen av målsekvensen. För att underlätta detektionen är sönder märkta med radioaktiva isotoper eller med fluorescerande färgämnen eller antikroppar. Prober binder till de komplementära baserna i målsekvensen och avslöjar närvaron av mål-DNA eller RNA i provet. Det finns två huvudmetoder för att märka prober: ändmärkning och nick-translation. Prober kategoriseras i olika typer inklusive DNA-sonder, RNA-sonder, cDNa-sonder och syntetiska oligonukleotidsonder, och de framställs med olika tekniker.
Sonder är viktiga verktyg inom många mikrobiella och molekylära områden som virologi, rättsmedicinsk patologi, faderskapstestning, DNA-fingeravtryck, upptäckt av genetiska sjukdomar, RFLP, molekylär cytogenetik, in situ hybridisering, etc.
Figur 01: Fluorescensmärkt sond som används i FISH för patogendetektion
Vad är en Primer?
Primer är ett kort DNA- eller RNA-fragment som fungerar som en initiator för DNA-syntes. DNA-polymerasenzym lägger till nukleotider till 3' OH-gruppen av primersekvensen och syntetiserar den nya strängen som är komplementär till mall-DNA. Primers är mycket korta fragment med längden 18 till 20 nukleotider. De syntetiseras kemiskt i laboratoriet för in vitro DNA-amplifiering (PCR). Primers kan ha vilken sekvens av nukleotider som helst eftersom de är designade av användaren. De syntetiseras för att matcha de komplementära baserna i mall-DNA:t. Därför kan den ha vilken sekvens av nukleotider som helst. Primers är av yttersta vikt för DNA-replikation eftersom DNA-polymeras inte kan syntetisera nytt DNA utan en redan existerande bit av DNA. När du designar primers för PCR, måste följande saker beaktas:
- Primers bör innehålla de komplementära nukleotiderna till den flankerande änden av DNA:t som vill amplifiera.
- Primers bör ha en smälttemperatur mellan 55 – 65 0C
- G- och C-innehåll bör vara mellan 50 och 60%.
Två primrar används i PCR som framåt och bakåt för att replikera båda strängarna i provets DNA. Primers används vanligtvis för att utföra PCR och DNA-sekvensering.
Figur 02: Primerglödgning i PCR
Vad är skillnaden mellan Probe och Primer?
Probe vs Primer |
|
| Sond är ett litet fragment av DNA/RNA som används för att detektera närvaron av målsekvensen i ett prov genom molekylär hybridisering. | Primer är en liten del av DNA eller RNA som fungerar som utgångspunkt för DNA-replikation. |
| Function | |
| Detta detekterar närvaron av en specifik sekvens i provet av DNA eller RNA. | Detta fungerar som en startpunkt för DNA-syntes. |
| Längd | |
| Längden kan vara i intervallet 100 – 1000 baser | Längd är i allmänhet cirka 18 – 20 baser |
| Bindning med komplementär sekvens | |
| Sond hybridiserar med de komplementära baserna i målsekvensen | Primer hybridiserar med de komplementära baserna i DNA-strängarna. |
| Labeling | |
| Sonder är märkta för att underlätta upptäckt | Primers är i allmänhet inte märkta |
| Använd i PCR | |
| Sonder används inte i PCR | Primers används i PCR |
Sammanfattning – Probe vs Primer
Sond är ett litet fragment av DNA- eller RNA-sekvens som kan hybridiseras med komplementära nukleotider för att detektera en målsekvens i provet. Prober märks radioaktivt, immunologiskt eller fluorescerande för att se närvaron av målsekvens. Primer är ett mycket litet DNA- eller RNA-fragment som fungerar som utgångspunkt för in vitro-DNA-amplifiering. DNA-polymeras identifierar 3' OH-gruppprimer och initierar byggandet av en ny sträng som är komplementär till mallen. Prober och primrar fungerar på liknande sätt genom att hybridisera med komplementära nukleotider. Den viktigaste skillnaden mellan sond och primer är alltså deras primära funktion.
