nyckelskillnad – AFLP vs RFLP
DNA-studier har en enorm betydelse för att förstå och bestämma fylogenetiska samband, diagnostisera genetiska sjukdomar och kartlägga organismens genom. Flera tekniker associerade med DNA-analys används också för identifiering av en viss gen eller en DNA-sekvens i en pool av okänt DNA. De är kända som molekylära markörer. Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) och Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) är två sådana molekylära markörer (metoder) utvecklade inom molekylärbiologin för att upptäcka genetisk variation mellan organismer. Båda metoderna är lika viktiga och har fördelar och nackdelar. Den viktigaste skillnaden mellan AFLP och RFLP är att AFLP involverar selektiv PCR-amplifiering av det digererade DNA:t medan RFLP inte involverar selektiv PCR-amplifiering av DNA-fragmenten.
Vad är AFLP?
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) är ett viktigt verktyg inom molekylärbiologi och används flitigt i genetisk variationsanalys. AFLP är baserat på den specifika PCR-amplifieringen av det fragmenterade genomiska DNA:t och detektion av polymorfismen genom autoradiografier via gelelektrofores. AFLP bidrar i stor utsträckning till att identifiera genetiska skillnader i stammar eller närbesläktade arter av olika riken inklusive växter, djur, bakterier och svampar. AFLP kan utföras med små mängder okända DNA-prover. Det kräver inte tidigare sekvenskunskaper och design av sonder.
Steg i AFLP
- Isolering av DNA
- Spjälkning av DNA med restriktionsendonukleaser
- Ligering av de begränsade DNA-fragmenten med adaptrar
- Selektiv amplifiering av fragmenten med specifika restriktionsplatser
- Separation av PCR-produkterna genom gelelektrofores
- Visualisering av gelmatrisen med autoradiograf
AFLP är en mer känslig och reproducerbar metod som kan användas i DNA-profilering av flera taxa inklusive svampar, bakterier, växter och djur utan förkunskaper om DNA-sekvenser. Det hjälper till att identifiera små skillnader mellan individer i populationer på grund av dess mycket känsliga natur. AFLP är också viktigt i genomkartläggning, rättsmedicinska studier, föräldratestning, genotypning, etc.
Figur 01: AFLP
Vad är RFLP?
Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLP) är en teknik som används för att detektera genetiska variationer i homologa DNA-sekvenser. Det är den första metoden som utvecklats för DNA-profilering. Organismer har unika DNA-fingeravtryck eller DNA-profiler. RFLP fungerar som ett viktigt verktyg för att analysera variationen mellan DNA-profiler för intraspecifika eller närbesläktade organismer eftersom homologa sekvenser har olika restriktionsställen (platser) som är unika för en viss organism. När homologt DNA spjälkas med specifika restriktionsendonukleaser kommer det att resultera i olika DNA-profiler som är unika för varje individ. Därför är principen för denna metod att detektera genetisk variation bland organismer genom att begränsa homologt DNA med specifika restriktionsenzymer och analys av fragmentlängdspolymorfismen via gelelektrofores och blotting. Blottingmönster är unika för varje organism och kännetecknar de specifika genotyperna.
Steg av RFLP
- Isolering av tillräcklig mängd DNA från prover
- Fragmentering av DNA-proverna med specifika restriktionsendonukleaser till kort sekvens
- Separation av de resulterande fragmenten med olika längder genom agarosgelelektrofores.
- Överföring av gelprofilen till ett membran med Southern blotting
- Hybridisering av membranet med märkta prober och analys av fragmentlängdspolymorfismen i varje profil
RFLP är en mycket viktig teknik för att upptäcka sjukdomsarv och hitta risken för att sjukdomen ska inträffa bland familjemedlemmar. RFLP används också ofta i genomkartläggning, identifiering av brottslingar inom krimin alteknik, faderskapstester, etc. RFLP har också flera begränsningar. RFLP kräver förkunskaper om sekvensdata för att designa sönder för hybridisering. Det kräver också isolering av tillräcklig mängd DNA från provet för att analysera, vilket är svårt i rättsmedicinska studier.
Figur 01: RRFLP-mappning
Vad är skillnaden mellan AFLP och RFLP?
ALFP vs RFLP |
|
| AFLP involverar selektiv PCR-amplifiering av det digererade DNA:t. | RFLP involverar inte PCR om det inte är PCR-RFLP. |
| Sequence Knowledge | |
| Föregående sekvenskunskaper krävs inte. | Föregående sekvenskunskap krävs för att utforma RFLP-sonder. |
| Reliability | |
| Detta är mer pålitligt. | Detta är mindre tillförlitligt jämfört med AFLP. |
| Effektivitet i att upptäcka polymorfism | |
| Detta har en högre effektivitet vid detektering av polymorfism än RFLP. | Detta är mindre effektivt jämfört med AFLP. |
| Kostnad | |
| Det här är lite dyrt jämfört med RFLP. | Detta är billigare jämfört med AFLP. |
| Applications | |
| AFLPs har använts för genomkartläggning, DNA-fingeravtryck, genetisk mångfaldsstudier, faderskapstester och rättsmedicin | RFLP-analys är ett viktigt verktyg för genomkartläggning, lokalisering av gener för genetiska störningar, bestämning av risk för sjukdom och faderskapstestning. |
Sammanfattning – AFLP vs RFLP
AFLP och RFLP är två tekniker som används som genetiska markörer för utvärdering av mångfald och bedömning av de genetiska sambanden inom molekylärbiologi. AFLP fungerar som en effektiv och känslig metod för detektion av genetisk polymorfism mellan organismer än RFLP. Men även om båda dessa metoder har olika effektivitet för att upptäcka genetiska variationer, används de fortfarande för DNA-fingeravtryck och sjukdomsdiagnostik.
