Den viktigaste skillnaden mellan ITS1 och ITS2 är att ITS1 är ett spacer-DNA som ligger mellan 18S och 5.8S rRNA-gener i eukaryoter, medan ITS2 är ett spacer-DNA som ligger mellan 5.8S och 28S rRNA-gener i eukaryoter.
Intern transkriberad spacer (ITS) är spacer-DNA:t som vanligtvis ligger mellan små ribosomala RNA-subenheter och stora ribosomala RNA-gener i kromosomen eller i motsvarande transkriberade region i den polycistroniska rRNA-prekursortranskriptmolekylen. I bakterier och archaea finns det bara en enda ITS mellan 16S och 23S rRNA-gener. Men i eukaryoter finns det två ITS spacer-DNA: ITS1 (mellan 18S och 5.8S rRNA gener) och ITS2 (mellan 5.8S och 28S rRNA). Därför är ITS1 och ITS2 två spacer-DNA som finns mellan rRNA-gener i eukaryoter.
Vad är ITS1?
ITS1 är ett spacer-DNA som ligger mellan 18S och 5.8S rRNA-gener i eukaryoter. ITS hänvisar till ett stycke icke-funktionellt spacer-DNA som ligger mellan rRNA-gener. ITS1 har en större längdvariation än ITS2. Längdvariationen för ITS1 är ungefär (200-300 bp). ITS-markörer som ITS1 har bevisat sin effektivitet när det gäller att belysa fylogenetiska samband mellan olika taxa. Dessutom är ITS1 spacer DNA mindre konserverat än ITS2 spacer DNA. ITS1-strukturer är endast bevarade i mycket mindre taxonomiska enheter. Varje eukaryotiskt ribosom alt kluster innehåller också regioner som kallas externa transkriberade spacers (5’ och 3’ ETS).
Figur 01: ITS1-region
ITS1 spacer-DNA är mycket nära den 5'externa transkriberade spacern (5' ETS). Dessutom, om någon vill amplifiera ITS1-regionen för fylogenetiska relationsstudier, måste de använda ett specifikt primerpar (omvända och framåtriktade primers) för detta ändamål. För att amplifiera ITS1-regionen används norm alt två primeruppsättningar i laboratoriers PCR-protokoll. De är ITS1 framåt och ITS2 bakåt eller ITS1 framåt och ITS4 bakåt.
Vad är ITS2?
ITS2 är ett spacer-DNA som ligger mellan 5.8S och 28S rRNA-gener i eukaryoter. ITS2-regionen har en kortare längdvariation än ITS1-regionen. Längdvariationen för ITS2 är ungefär (180-240 bp). ITS2-regionen är dock mer bevarad än ITS1-regionen i många taxonomiska enheter. Den identifierar att alla ITS2-sekvenser delar en gemensam kärna av den sekundära strukturen. Dessutom är 40% ITS2-region bevarad bland alla angiospermer, medan det är möjligt att anpassa 50% av ITS2-regionen över familj och högre nivå.
Figur 02: ITS2-region
Oavsett omfattningen av bevarandet är användningen av ITS2-regionen också mycket populär, såsom ITS1-regionen i fylogenetiska relationsstudier, särskilt vid svamp-DNA-streckkodning. För att amplifiera ITS2-regionen används vanligtvis en specifik primeruppsättning i laboratoriers PCR-protokoll. Det är ITS1 framåt och ITS4 bakåt. Men när PCR-protokollet använder denna primeruppsättning, förstärker det också ITS1-regionen tillsammans med ITS2-regionen. Vidare är ITS2 spacer-DNA mycket nära den 3'externa transkriberade spacern (3' ETS).
likheter mellan ITS1 och ITS2
- ITS1 och ITS2 är två spacer-DNA placerade mellan rRNA-gener.
- De finns bara i eukaryoter.
- Båda kan förstärkas genom att använda specifika primerpar.
- De skärs båda ut i rRNA-mognad som icke-funktionella biprodukter.
- Båda är mycket viktiga för fylogenetiska relationsstudier, särskilt vid svamp-DNA-streckkodning.
Skillnaden mellan ITS1 och ITS2
ITS1 är ett spacer-DNA som finns mellan 18S och 5.8S rRNA-gener i eukaryoter medan ITS2 är ett spacer-DNA som finns mellan 5.8S och 28S rRNA-gener i eukaryoter. Så detta är den viktigaste skillnaden mellan ITS1 och ITS2. Dessutom har ITS1 större längdvariation jämfört med ITS2. Å andra sidan har ITS2 en kortare längdvariation jämfört med ITS1. Detta är ytterligare en skillnad mellan ITS1 och ITS2.
Infografiken nedan listar skillnaderna mellan ITS1 och ITS2 i tabellform för jämförelse sida vid sida.
Sammanfattning – ITS1 vs ITS2
Internal transcribed region (ITS) är en icke-funktionell del av spacer-DNA som ligger mellan rRNA-gener. I bakterier och arkéer finns det bara en enda ITS-region. Men i eukaryoter finns det två ITS-regioner: ITS1 och ITS2. ITS1 är ett spacer-DNA som ligger mellan 18S och 5.8S rRNA-gener i eukaryoter, medan ITS2 är ett spacer-DNA som är beläget mellan 5.8S och 28S rRNA-gener i eukaryoter. Detta är alltså sammanfattningen av skillnaden mellan ITS1 och ITS2.
