Nyckelskillnaden mellan CDS och ORF är att CDS är den faktiska nukleotidsekvensen av en gen som översätts till ett protein medan ORF är en DNA-sekvens som börjar med translationsinitieringsstället (startkodon) och slutar med ett webbplats för avslutning av översättning (stoppkodon).
En gen har en kodande sekvens (CDS). Den består av totala exoner av genen och ett startkodon och ett stoppkodon. Det är den faktiska delen av genen som översätter och producerar proteinet. Öppen läsram eller ORF är en nukleotidsekvens belägen mellan ett startkodon och ett stoppkodon. Det finns inget stoppkodon inuti en ORF som avbryter den genetiska koden som översätts till ett protein. I prokaryoter är CDS och ORF för en gen desamma.
Vad är CDS?
CDS eller kodande sekvens är den del av genen som faktiskt översätts till ett protein. Den består av exoner och två kodoner kända som AUG-kodon och stoppkodon. CDS innehåller inte två oöversatta regioner: 5' UTR och 3' UTR. Dessutom ingår inte introner i CDS.
Figur 01: Kodningssekvens
Jämfört med hela genomet hos en individ är kodande sekvenser en liten del. Kodningssekvensen består av den nödvändiga nukleotidsekvensen för att göra proteinets aminosyrasekvens. Därför är CDS koncentrerade exoner som kan delas in i nukleotidtripletter eller kodoner. Kodon ger upphov till aminosyror.
Vad är en ORF?
Öppen läsram eller ORF är den kontinuerliga sträckan av en nukleotidsekvens som börjar med ett startkodon och slutar med ett stoppkodon. Med enkla ord hänvisar ORF till regionen av nukleotidsekvensen som är belägen mellan start- och stoppkodon. Däremellan finns det inget stoppkodon som avbryter ORF. Nukleotidsekvensen mellan start- och stoppkodon kodar för aminosyror. I allmänhet är startkodon ATG medan stoppkodon är TAG, TAA och TGA. ORF ger ett funktionellt protein när det transkriberas och translateras. Följaktligen inkluderar ORF ett startkodon, flera kodon i mellanregionen och ett stoppkodon. Intressant nog har ORF en längd som kan delas med tre.
Figur 02: Öppen läsram
I prokaryoter, eftersom det inte finns några introner, är ORF den kodande sekvensen för en gen som transkriberar direkt till mRNA. Därför är CDS och PRF samma i prokaryoter. När man söker efter gener i prokaryoter är det lätt att upptäcka en ORF och hitta en gen i prokaryoter. I eukaryoter, eftersom det finns introner, är ORF kodonsekvensen som bildas efter bearbetning eller RNA-skarvning. ORF är ett bevis som underlättar genförutsägelse så länge ORF sannolikt är en del av en gen.
Vilka är likheterna mellan CDS och ORF?
- I prokaryoter är CDS och ORF desamma.
- Båda har startkodon och stoppkodon.
- De har ett antal nukleotider som kan delas med tre.
- När de översätts producerar de aminosyrasekvenser.
Vad är skillnaden mellan CDS och ORF?
CDS är den faktiska delen av genen som översätts till ett protein medan ORF är DNA-sträckan mellan ett startkodon och ett stoppkodon. Så detta är nyckelskillnaden mellan CDS och ORF. Dessutom innehåller CDS inte introner, men ORF kan innehålla introner. CDS transkriberar helt till en komplett mRNA-sekvens medan ORF kan vara en del av mRNA-sekvensen. Detta är alltså ytterligare en skillnad mellan CDS och ORF.
Nedan infographic tabeller sida vid sida skillnaderna mellan CDS och ORF.
Sammanfattning – CDS vs ORF
CDS och ORF är två viktiga delar av en gen. CDS hänvisar till den faktiska regionen av DNA som översätts till ett protein. ORF är en sekvens av DNA som börjar med startkodonet "ATG" och slutar med något av de tre termineringskodonen (TAA, TAG eller TGA). ORF kan vara en del av en gens fullständiga mRNA. Emellertid transkriberar den kodande sekvensen för en gen till fullständig mRNA-sekvens. Alla CDS är ORF. Men inte alla ORF är CDS. Detta sammanfattar alltså skillnaden mellan CDS och ORF.
