nyckelskillnad – VNTR vs STR
DNA-studier har enorm nytta för att förstå och bestämma fylogenetiska samband, diagnostisera genetiska sjukdomar och kartlägga organismens genom. Flera tekniker associerade med DNA-analys används för identifiering av en viss gen eller en DNA-sekvens i en pool av okänt DNA. De är kända som genetiska markörer. Genetiska markörer används inom molekylärbiologi för att identifiera genetisk variation mellan individer och arter. Variabelt antal tandemupprepning (VNTR) och kort tandemupprepning (STR) är två typer av genetiska markörer som visar polymorfism bland individer. Båda typerna är icke-kodande repetitivt DNA som är tandemupprepningar. De är arrangerade i ett huvud mot svans i kromosomerna. VNTR är en sektion av genomet där kort nukleotidsekvens upprepas flera gånger. STR är en annan del av DNA i genomet som är organiserad som repeterande enheter bestående av två till tretton nukleotider i hundra gånger. Nyckelskillnaden mellan VNTR och STR är antalet nukleotider i en upprepad sekvens. Upprepande enheter av VNTR består av 10 till 100 nukleotider medan repeterande enheter av STR består av 2 till 13 nukleotider. VNTR och STR används i stor utsträckning i krimin altekniska studier.
Vad är VNTR?
En tandemupprepning är en kort DNA-sekvens som upprepas från huvud till svans vid ett specifikt kromosom alt lokus. Det finns ingen annan sekvens eller nukleotid inom tandemupprepningen. Det finns flera typer av tandemupprepningar i genomet. VNTR är en typ av tandemupprepning bland dem som har upprepade enheter bestående av 10 till 100 nukleotider. VNTR är en typ av minisatellit. Dessa tandemupprepningar kan hittas i många kromosomer. De är insprängda i det mänskliga genomet och är övervägande belägna i de subtelomera regionerna av kromosomerna.
VNTRs visar tandem upprepad polymorfism bland individer. Längden på VNTR på en viss plats i kromosomen är mycket varierande bland individer på grund av variationen i antalet upprepade enheter organiserade i den DNA-sektionen. Därför kan VNTR användas som ett kraftfullt verktyg för identifiering av individer och VNTR-analys används inom många områden inklusive genetik, biologiforskning, krimin alteknik och DNA-fingeravtryck. VNTR var de första genetiska markörerna som användes för att kvantifiera benmärgstransplantation. VNTR:er var också de första polymorfa markörerna som användes vid DNA-profilering inom krimin alteknik.
Figur 01: Variation av VNTR hos sex individer
VNTR-analys utförs via restriktionsfragmentlängdpolymorfism följt av sydlig hybridisering. Därför behöver den ett relativt stort DNA-prov. Tolkning av VNTR-profiler är också problematisk. På grund av dessa begränsningar har användningen av VNTR inom rättsgenetik begränsats och den har ersatts av STR-analys.
Vad är STR?
STR är en mycket repetitiv DNA-sektion som består av två till tretton repeterande nukleotidenheter organiserade på ett tandemsätt. STR liknar VNTR. Men det varierar från VNTR från antalet nukleotider i en upprepad sekvens och antalet upprepningar. STR är en typ av mikrosatelliter.
STR-analys involverad i att mäta det exakta antalet upprepade enheter. STR är mycket varierande bland individer, liknande VNT. STR-profiler skiljer sig från person till person. Därför används STR-analys inom molekylärbiologi för att jämföra specifika loci på DNA från två eller flera prover. Därför anses STR som kraftfulla genetiska markörer inom molekylärbiologi. Det är ett utmärkt verktyg för identifiering av individer på grund av deras höga grad av polymorfism och relativt korta längder.
För närvarande är STR:er det mest använda verktyget för analyserad genetisk polymorfism inom rättsgenetik. De flesta rättsmedicinska ärenden involverar STR polymorf analys. STR-loci är spridda över hela genomet. Det finns tusentals STR i kromosomer som kan användas i rättsmedicinsk analys. STR-analys involverar inte restriktionslängdpolymorfism som VNTR-analys. STR-analys skär inte DNA med restriktionsenzymer. Specifika prober används för att fästa önskade regioner på DNA och med PCR-teknik bestäms längderna av STR.
Figur 02: STR-variation mellan sampel
Vilka är likheterna mellan VNTR och STR?
- VNTR och STR är icke-kodande DNA.
- Båda är tandemupprepningar.
- Båda visar polymorfism bland individer på grund av skillnaden i längden på DNA-sektionen.
- Båda används som kraftfulla genetiska markörer i DNA-fingeravtryck och i rättsmedicinska studier.
Vad är skillnaden mellan VNTR och STR?
VNTR vs STR |
|
| VNTR är ett icke-kodande repetitivt DNA som har en kort nukleotidsekvens som upprepas på ett tandemsätt. | STR är en mycket repetitiv DNA-sektion som består av två till tretton repeterande nukleotidenheter organiserade på ett tandemsätt. |
| Size | |
| VNTR är större än STR. | STR är mindre än VNTR. |
| Antal nukleotider i upprepad sekvens | |
| Den repeterande enheten i VNTR består av 10 till 100 nukleotider. | Den repeterande enheten för STR består av 2 till 13 nukleotider. |
Sammanfattning – VNTR vs STR
VNTR och STR är två kraftfulla genetiska markörer som används inom molekylärbiologi, särskilt inom området rättsgenetik. VNTR är en typ av minisatellit och STR är en mikrosatellit. VNTR och STR är icke-kodande, mycket repetitivt DNA. De är tandemupprepningar. Den allmänna strukturen för VNTR och STR är densamma. Emellertid är antalet nukleotider i den upprepande sekvensen och längden olika. VNTR har repeterande sekvenser som består av 10 till 100 nukleotider. STR har upprepade sekvenser bestående av 2 till 13 nukleotider. Detta är skillnaden mellan VNTR och STR.
Ladda ner PDF-version av VNTR vs STR
Du kan ladda ner PDF-versionen av den här artikeln och använda den för offlineändamål enligt citat. Ladda ner PDF-versionen här Skillnaden mellan VNTR och STR.
