Nyckelskillnaden mellan CRISPR och CRISPR Cas9 är att CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeat) är en naturligt förekommande prokaryotisk immunförsvarsmekanism medan CRISPR cas9 är ett RNA-styrt Cas9-nukleas som är en del av CRISPR adaptiva immunförsvar.
CRISPR är ett antivir alt försvarsimmunsystem som finns i bakterier och arkéer. Det är en familj av DNA-sekvenser som finns i bakteriegenomet. Den består av spacersekvenser som härrör från DNA-fragment av bakteriofager som tidigare hade infekterat dem. Vid efterföljande virusinfektioner använder bakterier dessa sekvenser för att förstöra vir alt DNA. CRISPR-sekvenser har korta palindromiska upprepningar och spacer-sekvenser. Dessutom har CRISPR upprepade spacer-sekvenser ofta associerade gener som kodar för Cas-proteiner. Cas9 är ett RNA-styrt endonukleas. Tillsammans med CRISPR-sekvenser fungerar Cas9-proteinet som ett adaptivt immunsystem i bakterier mot bakteriofager.
Vad är CRISPR?
CRISPR står för Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats. Det är ett kluster av DNA-sekvenser som finns i bakteriegenomet. Det fungerar som en naturlig försvarsmekanism i bakterier, och det identifierades först i E. coli. Hos bakterier fungerar det som adaptivt immunskydd, särskilt mot bakteriofager. Därför är det en sekvensspecifik mekanism.
Figur 01: CRISPR
CRISPR-systemet innehåller flera kortsegmenterade DNA-upprepningssekvenser. Dessa upprepningar är palindromiska och har samma bassekvens när man läser från 5' till 3' medan den andra ger samma sekvens när man läser från 3' till 5'. Dessutom är upprepningar identiska. De är belägna mellan korta "spacer" DNA-sekvenser som inte är identiska. Men dessa spacer-DNA-sekvenser liknar eller matchar främmande bakteriofag-DNA. Gener associerade med CRISPR är kända som CRISPR-associerade gener eller Cas-gener. Cas-gener kodar för Cas-proteiner som är helikaser eller nukleaser. Helikaser lindar upp DNA medan nukleaser skär DNA. Sammantaget, när man överväger CRISPR, är det ett immunsystem av bakterier som arbetar mot bakteriofager (bakterier som infekterar virus).
Vad är CRISPR Cas9?
Cas9 eller CRISPR-associerat protein 9 är ett bakteriellt RNA-styrt endonukleas. Därför är det ett enzym som känner igen och skär mål-DNA (särskilt bakteriofag-DNA) komplementärt till guide-RNA:t. Den utför strängspecifik klyvning. Cas9-protein kodas av en CRISPR-associerad gen. CRISPR cas9 är det RNA-styrda CRISPR-Cas9-nukleassystemet som kan användas som en RNA-programmerbar DNA-inriktnings- och redigeringsplattform för genomredigering, transkriptionell störning, epigenetisk modulering och genomavbildning. Detta CRISPR cas9-system är mycket populärt i nuvarande genomredigeringssystem.
Figur 02: CRISPR Cas9
För närvarande används CRISPR/Cas9-systemet för att förändra eller modifiera däggdjursgenomet genom antingen transkriptionsrepression eller aktivering. Däggdjurscellerna kan svara på CRISPR/Cas9-medierade DNA-avbrott genom att anta en reparationsmekanism. Det kan antingen göras med hjälp av icke-homolog ändfogningsmetod (NHEJ) eller homologiriktad reparation (HDR). Båda dessa reparationsmekanismer sker genom att införa dubbelsträngade avbrott. Detta resulterar i redigering av däggdjursgen. NHEJ kan leda till ablation av genmutationer och kan användas för att skapa en förlust av funktionseffekter. HDR kan användas för att introducera specifika punktmutationer eller för att introducera DNA-segment av varierande längd. För närvarande används CRISPR/Cas-systemet inom områdena terapeutiska, biomedicinska, jordbruks- och forskningsapplikationer.
Vilka är likheterna mellan CRISPR och CRISPR Cas9?
- Cas9 är en del av CRISPR Cas-systemet.
- Crisper cas9-systemet är ett immunsystem som finns naturligt i bakterier.
Vad är skillnaden mellan CRISPR och CRISPR Cas9?
CRISPR är ett kluster av DNA-sekvenser som finns i bakteriegenomet som fungerar som ett naturligt försvarssystem mot bakteriofager. Den består av korta palindromiska upprepningar med regelbundet mellanrum, spacers och associerade gener. Däremot är cas9 ett CRISPR-associerat protein 9, vilket är ett RNA-styrt endonukleasenzym. Den känner igen och klyver DNA-dubbelsträngar av virus. I själva verket är det en del av CRISPRs försvarssystem. Så detta är den viktigaste skillnaden mellan CRISPR och CRISPR cas9.
Sammanfattning – CRISPR vs CRISPR Cas9
CRISPR Cas-systemet är ett mikrobiellt försvarssystem. CRISPR är ett kluster av DNA-sekvenser som består av palindromiska korta upprepningar, spacersekvenser och associerade gener. Cas9 är ett Cas-protein som är ett RNA-styrt endonukleas. CRISPR och Cas9 protein utgör ett immunsystem som arbetar mot bakteriofaginfektioner hos bakterier. Cas9-protein kan klyva främmande vir alt DNA och störa dem. CrRNA vägleder cas9 att känna igen vir alt DNA. Därför är CRISPR cas9 system ett naturligt immunsystem som finns i bakterier mot virus. Detta är alltså sammanfattningen av skillnaden mellan CRISPR och CRISPR cas9.
