nyckelskillnad – uppströms vs nedströms DNA
Det är viktigt att ha en allmän kunskap om DNA:s sammansättning och struktur för att förstå skillnaden mellan uppströms och nedströms DNA. DNA består av polynukleotidkedjor. Nukleotider är byggstenarna som skapar polynukleotidkedjor och varje nukleotid är gjord av tre komponenter: ett socker med fem kolatomer, en kvävebas och en fosfatgrupp. En fosfatgrupp och en OH-grupp är fästa till 5'-positionskol respektive 3'-positionskol i sockermolekylen i en nukleotid. Nukleotider är sammanfogade av fosfodiesterbindningar som bildas mellan 5' fosfatgrupp av en nukleotid och 3' OH-grupp i den intilliggande nukleotiden. Om en polynukleotidkedja har en fri 5'-fosfatgrupp, tilldelas den som 5'-änden; om den har en fri 3' OH-grupp, tilldelas den som en 3'-ände. Därför har DNA-strängar vanligtvis 5'- och 3'-ändar enligt polynukleotidkedjornas ändpositioner. DNA finns också som dubbelsträngad form. Två trådar är antiparallella med varandra. Därför har DNA två strängar som löper mot 5' till 3' riktning och 3' till 5' riktning. Uppströms och nedströms DNA hänvisas till transkription och syntes av 5' till 3' mRNA-sträng. Om DNA betraktas mot 5 änden av den kodande strängen från transkriptionsinitieringsstället är det känt som uppströms DNA. Om DNA betraktas mot 3'-änden från den kodande strängen från transkriptionsinitieringsstället är det känt som nedströms DNA. Detta är den viktigaste skillnaden mellan uppströms och nedströms DNA.
Vad är uppströms-DNA?
En gen är en strukturell och funktionell enhetsärftlighet som finns på DNA från en organism. Det lagras med instruktioner för att konstruera ett protein. Genen har en specifik region av en DNA-molekyl. Vid behov transkriberar och översätts det till ett protein via syntes av en mRNA-sträng. Norm alt löper en kodande sträng av genen från 5' till 3' riktning. När den transkriberas producerar den en mRNA-sträng i samma riktning 5' till 3'. Under transkriptionen tjänas 3' till 5' antisenssträngen som mallsträngen och initierar mRNA-syntesen. Det finns ett initieringsställe för transkription i genen. Med hänvisning till transkriptionsinitieringsstället är DNA-regionen mot 5'-änden av den kodande strängen känd som uppströms DNA. En promotor för genen är norm alt belägen i uppströmsregionen av DNA. I eukaryota gener finns TATA-boxar, proximala promotorelement och förstärkare i området uppströms genen. Uppströmsregionen av genen hänvisas till med negativa tal. Uppströms DNA från en gen är av yttersta vikt för transkriptionen.
Vad är nedströms-DNA?
Transkriptionsinitieringsstället är känt som +1 punkt för en gen. DNA-regionen från +1-punkten mot 3'-änden av den kodande strängen är känd som nedströms-DNA. Med andra ord, nedströms genen är från transkriptionsinitieringsstället mot 5'-änden av mallsträngen. Nedströms DNA från en genregion inkluderar därför transkriptionsenhet och andra sekvenser såsom terminatorsekvens. Promotorn kan påverka nedströmssekvensen av en gen. Nedströms del av en gen refereras med positiva siffror. Nedströms DNA från en gen är den faktiska region som ger proteinprodukten.
Figur 01: Uppströms och nedströms DNA
Vad är skillnaden mellan Upstream och Downstream DNA?
Upstream vs Downstream DNA |
|
| DNA-regionen mot 5'-änden av den kodande sekvensen från transkriptionsinitieringsstället är känt som uppströms-DNA. | DNA-regionen mot 3'-änden av den kodande strängen från transkriptionsinitieringsstället är känt som nedströms DNA. |
| Elements | |
| Promotorer och förstärkare finns på uppströms-DNA | Transkriptionsenheten och terminatorsekvenserna finns i nedströms-DNA:t. |
| Numrering | |
| Nukleotider i uppströmsregionen hänvisas till negativa tal | Nukleotider refereras med positiva tal. |
| Function | |
| Denna region innehåller element som är nödvändiga för att reglera och initiera transkription | Denna region innehåller instruktioner för att producera ett protein och avsluta transkriptionen |
Sammanfattning – Upstream vs Downstream DNA
Det är lätt att identifiera uppströms och nedströms om en RNA-sträng. När det gäller referensstället är regionen mot 5'-änden av RNA-strängen känd som uppströms-RNA medan regionen mot 3'-änden är känd som nedströms-RNA. Men i DNA finns det två strängar som löper i båda riktningarna 5' till 3' och 3' till 5'. Därför är skillnaden mellan uppströms och nedströms DNA komplicerad. Därför är den differentierad med hänvisning till transkriptionen av en gen. Från transkriptionsinitieringsstället mot 5-änden av sense-strängen är DNA-regionen känd som uppströms DNA medan från transkriptionsinitieringsstället mot 3'-änden av sense-strängen är känt som nedströms-DNA. Detta är skillnaden mellan uppströms och nedströms DNA.
