Nyckelskillnaden mellan LTR och icke-LTR retrotransposoner är att LTR retrotransposoner är en typ av retrotransposoner som har långa terminala upprepningar i sin struktur, medan icke-LTR retrotransposoner är en typ av retrotransposoner som inte har långa terminala upprepningar i sin struktur.
Retrotransposoner (transposerbara klass I-element eller transposoner via RNA-intermediärer) är en typ av genetisk komponent som kan kopiera och klistra in sig själva på olika genomiska platser. De utför detta genom att omvandla RNA tillbaka till DNA genom en process som kallas omvänd transkription med hjälp av en RNA-transpositionsintermediär. Det finns två huvudtyper av retrotransposoner som LTR- och icke-LTR-retrotransposoner
Vad är LTR-retrotransposoner?
LTR retrotransposoner är en typ av retrotransposoner som har långa terminala upprepningar i sin struktur. Långa strängar av repetitivt DNA kan hittas i varje ände av en LTR-retrotransposon. Dessa är kända som långa terminala upprepningar (LTR). Varje LTR är några hundra baspar lång. LTR-retrotransposoner är vanligtvis över 5 kilobaser långa. Dessutom, mellan de långa terminala upprepningarna, finns det gener som kan transkriberas ekvivalent med retrovirusgener gag och pol. Dessa gener överlappar varandra så att de kodar för ett proteas som norm alt bearbetar det resulterande transkriptet till funktionella genprodukter.
Figur 01: LTR Retrotransposons
Gag-genen av retrotransposoner gör en produkt som associeras med andra retrotransposon-transkript för att bilda virusliknande partiklar. Pol-genen tillverkar produkter som inkluderar enzymer som omvänt transkriptas, integras och ribonukleas H-domäner. Enzymet omvänt transkriptas utför omvänd transkription av retrotransposon-DNA. Integrasenzym integrerar retrotransposon-DNA i eukaryot genom-DNA. Ribonukleas H-domäner är användbara för att klyva fosfodiesterbindningar mellan RNA-intermediärer. LTR-retrotransposoner kodar också för transkript med tRNA-bindningsställen så att de kan genomgå omvänd transkription ganska enkelt. Dessutom, eftersom retrotransposonet innehåller information om eukaryot genom, kan det infoga kopior av sig själv på andra genomiska platser i en eukaryot cell.
Vad är icke-LTR-retrotransposoner?
Icke-LTR-retrotransposoner är en typ av retrotransposoner som inte har långa terminala upprepningar i sin struktur. Liksom LTR-retrotransposoner innehåller icke-LTR-retrotransposoner även gener för omvänt transkriptas, RNA-bindande protein, nukleas och ibland ribonukleas H-domäner. Men de saknar de långa terminalupprepningarna; istället har de korta upprepningar som kan ha en omvänd ordning av baser bredvid varandra. De RNA-bindande proteinerna binder till RNA-transpositionsintermediären och nukleaser bryter fosfodiesterbindningar mellan nukleotider i nukleinsyror.
Figur 02: LTR och icke-LTR retrotransposoner
Även om de är retrotransposoner kan de inte utföra omvänd transkription med en RNA-intermediär på samma sätt som LTR-retrotransposoner. Detta beror på att icke-LTR-retrotransposoner inte innehåller sekvenser som binder tRNA. Därför fungerar en icke-LTR-retrotransposon som transkriberas till mRNA och translaterad till proteiner som omvänt transkriptas. Omvänt transkriptas gör en DNA-kopia av icke-LTR-retrotransposonens RNA som kan integreras i genomet på en ny plats. Vidare faller icke-LTR-retrotransposoner in i två typer: LINEs (långa interspersed nuclear elements) och SINEs (short interspersed nuclear elements).
Vilka är likheterna mellan LTR och icke-LTR retrotransposoner?
- LTR och icke-LTR retrotransposoner är de två huvudtyperna av retrotransposoner.
- Båda typerna innehåller gener för enzymer som omvänt transkriptas, RNA-bindande protein, nukleas och ribonukleas H-domäner.
- De kan hittas i det mänskliga genomet.
- Båda typerna är evolutionärt viktiga.
Vad är skillnaden mellan LTR och icke-LTR retrotransposoner?
LTR retrotransposoner har långa terminala upprepningar i sin struktur, medan icke-LTR retrotransposoner saknar långa terminala upprepningar i sin struktur. Således är detta nyckelskillnaden mellan LTR och icke-LTR retrotransposoner. Dessutom har LTR-retrotransposoner långa direkta upprepningar som bara är en sekvens av baser som upprepar sig själva. Å andra sidan har icke-LTR-retrotransposoner korta upprepningar som kan ha en inverterad ordning av baser bredvid varandra.
Infografiken nedan visar skillnaderna mellan LTR och icke-LTR retrotransposoner i tabellform för jämförelse sida vid sida.
Sammanfattning – LTR vs icke-LTR retrotransposoner
LTR- och icke-LTR-retrotransposoner är de två huvudtyperna av retrotransposoner. LTR-retrotransposoner har långa terminala upprepningar i sin struktur, medan icke-LTR-retrotransposoner inte har långa terminala upprepningar i sin struktur. Så detta är den viktigaste skillnaden mellan LTR och icke-LTR retrotransposoner.
