shRNA vs siRNA
Under processen med RNA-interferens (RNAi), slås uttrycket av en målgen ned med hög specificitet och selektivitet. RNAi är en naturlig process, och den involverar litet störande RNA (siRNA) och kort hårnåls-RNA (shRNA) och bifunktionellt shRNA. För närvarande används RNAi i stor utsträckning som ett verktyg för personlig cancerterapi. Applikationerna av RNAi görs i princip med de kemiskt syntetiserade dubbelsträngade siRNA- och vektorbaserade shRNA-molekylerna. Även om dessa två molekyler har liknande funktionella resultat, skiljer de sig åt i sin struktur; sålunda skiljer sig även de molekylära verkningsmekanismerna, RNA-vägarna och effekterna utanför målet för dessa två molekyler.
shRNA
shRNA är en sekvens av en liten RNA-molekyl som gör en snäv hårnålsväng som kan användas för att tysta ett målgenuttryck under RNAi. Uttryck av shRNA uppnås av en vektor, som kan vara antingen ett virus eller en bakterie eller genom leverans av plasmider. De syntetiseras i cellkärnan och transporteras till cytoplasman för vidare processer. Dessa molekyler har liknande mognadsvägar för miRNA; sålunda har syntesen av miRNA gett grunden för förståelse av shRNA-syntes. Antingen RNA-polymeras II eller III kan transkribera shRNA genom RNA-polymeras II- eller III-promotorer. Fördelen med användningen av shRNA är att de har relativt låg nedbrytningshastighet och omsättning. Nackdelen är att den behöver en uttrycksvektor, vilket kan orsaka vissa säkerhetsproblem.
siRNA
siRNA är dubbelsträngade RNA-molekyler som består av 20-25 baspar långa. Dessa används för genundertryckning genom att tysta vilken gen som helst med komplementär nukleotidsekvens i RNAi-vägen. Gennedbrytning genom transfektion av siRNA är ofta misslyckad på grund av den övergående effekten; speciellt i snabbt delande celler och undertryckningen varar inte längre. För att övervinna detta problem modifieras siRNA genom att introducera en kort hårnålsstruktur. Denna modifierade molekyl då känd som shRNA. shRNA bör omvandlas till siRNA av en Dicer för att fortsätta sin normala funktion.
Vad är skillnaden mellan shRNA och siRNA?
• Till skillnad från siRNA har shRNA en extra hårnålsstruktur. shRNA är en modifierad version av siRNA.
• shRNA kräver en expressionsvektor, medan siRNA inte gör det.
• shRNA kan användas för långvarig knockdown medan siRNA endast kan användas för kortvarig knockdown av gener.
• Till skillnad från genundertryckandet av siRNA är undertryckandet av shRNA långvarigt, och om det sätts in via en lämplig viral vektor kan det ge permanenta genljudande effekter.
• Dicer krävs för att omvandla shRNA:t tillbaka till siRNA-molekylen för att kunna utföra dess normala funktioner.
