Nyckelskillnad – Gelelektrofores vs SDS-sida
Gelelektrofores är en teknik som separerar makromolekyler i ett elektriskt fält. Det är en vanlig metod inom molekylärbiologin att separera DNA, RNA och proteiner från blandningar efter deras molekylstorlek. SDS Page är en typ av gelelektrofores som används för att separera proteiner från en proteinblandning baserat på deras storlekar. Gelelektrofores är en term som används för att referera till den normala tekniken som används för DNA, RNA och proteinseparation medan SDS Page är en typ av gelelektrofores. Detta är nyckelskillnaden mellan gelelektrofores och SDS Page.
Vad är gelelektrofores?
Gelelektrofores är en vanlig teknik som används i laboratorier för att separera laddade molekyler som DNA, RNA, proteiner etc. från deras blandningar. En gel används vid gelelektrofores. Det fungerar som en molekylsikt. Det finns två typer av geler som används vid gelelektrofores, nämligen agaros och polyakrylamid. Val av gel och gelpreparat är viktiga faktorer att beakta vid gelelektrofores eftersom porstorleken på gelén bör manipuleras noggrant för en bra separation av molekyler genom gelelektrofores. Gelelektrofores har ett elektriskt fält kopplat till två ändar av gelén. Ena änden av gelén visar en positiv laddning medan den andra änden är negativt laddad.
DNA och RNA är negativt laddade molekyler. När de väl har laddats in i gelén från den negativa änden av gelén och applicerats på det elektriska fältet, migrerar de genom gelporerna mot den positivt laddade änden av gelén. Migrationshastigheten beror på laddningen och molekylens storlek. Mindre molekyler vandrar lätt genom gelporerna än större molekyler. Därför reser mindre molekyler en lång sträcka genom gelén och de större molekylerna färdas en kort sträcka. För att observera resor av molekyler på gelén används speciella typer av färgämnen. Det elektriska fältet appliceras under en viss tidsperiod och stoppas för att förhindra förlust av molekyler och för att hålla molekylerna i sina restpositioner. Olika band kan observeras i gelén. Dessa band representerar molekyler av olika storlekar. Därför är gelelektrofores användbar för att differentiera molekyler efter deras storlekar.
Gelelektrofores är inkorporerad i olika tekniker som en preparativ teknik inom molekylärbiologi såsom PCR, RFLP, kloning, DNA-sekvensering, southern blotting, genomkartläggning, etc.
Figur 01: Agarosgelelektrofores
Vad är SDS-sida?
Natriumdodecylsulfatpolyakrylamidgelelektrofores (SDS-sida) är en typ av gelelektrofores som används för att separera proteiner. När gelelektrofores används för att separera proteiner behövs speciella behandlingar eftersom proteiner inte är negativt laddade som DNA och RNA och inte migrerar mot den positiva eller negativa änden. Därför denatureras proteiner och beläggs med en negativ laddning före gelelektrofores. Det görs med ett rengöringsmedel som kallas natriumdodecylsulfat (SDS). Gelelektroforesen som använder SDS och en polyakrylamidgel för det bärande mediet är känd som SDS Page. Denna teknik används ofta inom biokemi, genetik, krimin alteknik och molekylärbiologi.
Under SDS-sidan blandas proteiner med SDS. SDS vecklar ut proteiner till en linjär form och belägger dem med en negativ laddning som är proportionell mot deras molekylmassa. På grund av den negativa laddningen migrerar proteinmolekyler mot den positiva laddningsänden av gelén och separerar enligt deras molekylmassa. I SDS Page används polyakrylamid som det fasta underlaget för gelén. Den faktiska separationen av proteinerna beror främst på gelens egenskaper. Därför bör polyakrylamidgelberedning göras noggrant och korrekta koncentrationer av polyakrylamid bör användas. Polyakrylamidgeler visar hög upplösning än agarosgeler. Därför anses SDS Page vara en högupplöst teknik för proteinseparation.
SDS-sidan är en typ av denaturerande gelelektrofores. Det har en stor begränsning i proteinanalys. Eftersom SDS denaturerar proteiner före separation, tillåter det inte detektering av enzymatisk aktivitet, proteinbindande interaktioner, proteinkofaktorer, etc.
Figur 02: SDS-sida
Vad är skillnaden mellan gelelektrofores och SDS-sida?
Gel Electrophoresis vs SDS-sida |
|
| Gelelektrofores är en metod som utförs för att separera makromolekyler med hjälp av ett elektriskt fält. | SDS-sidan är en högupplöst gelelektroforesteknik som används för att separera proteiner baserat på deras massa. |
| Gel Run | |
| Det kan utföras horisontellt eller vertik alt. | SDS-sidan körs alltid vertik alt. |
| Basis for Separation | |
| Separation sker enligt laddning och storlek. | Proteinseparation sker enligt massan och laddningen. |
| Upplösning | |
| Agarosgelelektrofores har låg upplösning och polyakrylamidgelelektrofores har en högre upplösning | SDS-sidan har en bättre upplösning. |
| Denaturering | |
| Gelelektrofores inkluderar både denaturerande och icke-denaturerande tekniker. | SDS-sida denaturerar proteiner före separation. |
Sammanfattning – Gelelektrofores vs SDS-sida
Gelelektrofores är en vanlig teknik som används för separation och analys av DNA, RNA och proteiner baserat på deras storlek och laddning. Det finns två huvudtyper av gelelektrofores, nämligen agarosgelelektrofores och polyakrylamidgelelektrofores. Agarosgeler används huvudsakligen för nukleinsyraseparation; när högre upplösning krävs används polyakrylamidgeler. SDS-sida är en typ av gelelektrofores som vanligtvis används för att separera komplexa blandningar av proteiner. Det anses vara en högupplöst proteinseparationsteknik. Detta är skillnaden mellan gelelektrofores och SDS-sida.
