Nyckelskillnaden mellan metagenomik och metatranskriptomik beror på typen av biomolekyler som studeras i varje område. Metagenomics studerar DNA, dess sekvenser och dess beteende i organismer, medan metatranscriptomics studerar det transkriberade DNA:t, främst mRNA-sekvenser och dess beteende i organismer.
Metagenomics och metatranscriptomics är två områden som har vunnit mycket popularitet under åren i förhållande till det mikrobiella samhället. De är viktiga inom hälso- och sjukvård, industri och jordbruksbioteknik. Både metagenomik och metatranskriptomik tillåter studiet av enskilda organismer i ett samhälle och deras funktionella roller som är antingen fördelaktiga eller skadliga.
Vad är Metagenomics?
Metagenomics är det studieområde som utforskar deoxiribonukleinsyra (DNA). Det är mest relevant för det mikrobiella samhället. Det är också ett mer avancerat område i jämförelse med genomik. Inom genomik sker analys av en viss organisms DNA. Men metagenomik involverar analys av genetiskt material över en gemenskap av organismer. Detta gör det alltså möjligt att studera beteendet hos en gemenskap av organismer som hänför sig till ett tillstånd eller en miljö.
Figur 01: Metagenomics
Den huvudsakliga tekniken som är involverad i metagenomiska studier är Next Generation Sequencing (NGS) som använder mikroarray-teknologin. NGS-metoderna kan analysera flera organismer i en enda reaktion för närvaro eller frånvaro av specifika DNA-sekvenser. Dessa DNA-sekvenser kan vara ansvariga för ett enskilt sjukdomstillstånd eller ett miljötillstånd. Genom att använda metagenomisk kunskap kan screening av organismer göras enkelt och exakt. Sekvenseringen under NGS sker i korta läsningar och profileringen av organismernas DNA sker. 16-talets DNA-sekvens är en populär sekvens som studeras inom metagenomik rörande mikroorganismer.
Efter sekvenseringen av gemenskapen av organismer bör anpassningen av sekvenserna göras. Verktyg som Basic Local Alignment Sequence-verktyget (BLAST) används för att utföra inriktningsuppdraget. Efter anpassningen tillhandahåller ett fylogenetiskt träd relationen mellan varje organism i samhället och detaljer om dess beteende.
Vad är Metatranscriptomics?
Metatranscriptomics är det studieområde som handlar om transkriptomet av en organism. Transkriptomet utgör hela RNA-sekvenserna som transkriberas under DNA-transkription. De mRNA-sekvenser som finns i transkriptomet ger information om det genetiska uttrycket. Metatranscriptomics är analysen av flera transkriptomer över populationer eller samhällen.
Figur 02: Transkriptomanalys
Metatranscriptomics-studier använder också mikroarray-teknologier för att hitta sekvenserna för de korta lässekvenserna. Dessutom involverar metatranskriptomik också en grundlig bioinformatisk analys med hjälp av anpassningsverktyg och träddesignmetoder. Emellertid är området för metatranskriptomik mycket svårare i jämförelse med metagenomik. Extraheringen av mRNA eller RNA som helhet är inte så lätt som det verkar vara. Eftersom RNA är mycket benäget att förstöras och har en mycket kort livslängd, kan underhåll och lagring av dessa vara en möjlig fråga.
Vilka är likheterna mellan metagenomics och metatranscriptomics?
- Metagenomics och metatranscriptomics är tekniker med hög genomströmning för att analysera samhällen av organismer, främst mikrobiella samhällen.
- Båda teknikerna använder mikroarrayteknik för att härleda resultaten.
- De erhållna resultaten analyseras ofta med BLAST-justering och fylogenetiska träd.
- Dessutom fokuserar båda teknikerna inte på en organism, utan på en grupp eller gemenskapsorganismer.
- Dessutom studeras båda begreppen också mest i relation till mikrober – den främsta anledningen är deras olika roller.
Vad är skillnaden mellan metagenomics och metatranscriptomics?
Metagenomics och Metatranscriptomics involverar analys av genetisk materia i en gemenskap av organismer. Således rör metagenomik mönstren och sekvenserna av DNA medan metatranskriptomik hänvisar till analysen av mRNA eller det transkriberade DNA:t. Så detta är den viktigaste skillnaden mellan metagenomics och metatranscriptomics.
Dessutom skiljer sig extraktionsproceduren i båda teknikerna; metagenomics involverar DNA-extraktionsprocedurer och metatranscriptomics involverar RNA-extraktionsprocedurer. Därför är detta också en signifikant skillnad mellan metagenomics och metatranscriptomics.
Infografiken nedan sammanfattar skillnaden mellan metagenomics och metatranscriptomics:
Sammanfattning – Metagenomics vs Metatranscriptomics
Metagenomics och metatranscriptomics är nya studieområden som analyserar en gemenskap av organismer för ett visst tillstånd. Sålunda avser metagenomik analysen av DNA-sekvenser. Däremot hänvisar metatranskriptomik till analys av RNA-sekvenser eller transkriberade DNA-produkter. I detta avseende möjliggör metatranscriptomics identifiering av genuttryck för ett särskilt fall. Båda är viktiga för att analysera mutationer och deras effekter. Dessa är snabba och mer tillförlitliga tekniker som används vid förhandsdiagnostik. Detta är alltså sammanfattningen av skillnaden mellan metagenomics och metatranscriptomics.
